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谁装过python的limix package (转载)

谁装过python的limix package (转载)# Biology - 生物学

c*72015-08-01 07:08

1 楼

1.碰到姓王的，不能热情招呼：“你是老王吧？”
2.遇到姓刘的不能这样寒暄：“老刘忙吗？”
3.见到姓焦的，不能轻易核实：“你姓焦吗？”
4.当然，若在饭局上端上来一盘炒辣子鸡，更不能热情地招呼大家：“来来来，快吃鸡
吧！”

r*p2015-08-01 07:08

2 楼

微软的垃圾PDF reader居然~~~~居然了~~~~完全不能打开文件了！APP STORE里面也搜
不到PDF READER，大家都有这个问题吗？请推荐一个能用的pdf reader

N*n2015-08-01 07:08

3 楼

【以下文字转载自 DataSciences 讨论区】
发信人: NobleBen (be nice, be patient!!!!), 信区: DataSciences
标题: 谁装过python的limix package
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Aug 1 00:39:54 2015, 美东)
python package太难装了
好不容易装好了，第一个命令就有问题
# activiate inline plotting
%matplotlib inline
from setup import *
这个%总是有问题？
谢谢

x*a2015-08-01 07:08

4 楼

哈哈，前两个故意这么干过。

【在 c*******7 的大作中提到】

: 1.碰到姓王的，不能热情招呼：“你是老王吧？”
: 2.遇到姓刘的不能这样寒暄：“老刘忙吗？”
: 3.见到姓焦的，不能轻易核实：“你姓焦吗？”
: 4.当然，若在饭局上端上来一盘炒辣子鸡，更不能热情地招呼大家：“来来来，快吃鸡
: 吧！”

s*12015-08-01 07:08

5 楼

从USB拷了个pdf到phone,pdf reader 打开看过。通过usb把文件删了，可是pdf reader
自己还是keep a copy.pdf reader的.my library里竟然没有删除文件的功能。最后只
好uninstall，reinstall。
这确实是个烂app。
office word也不好。已经有一个word文件里的三个图只显示一个。文件view不能zoom
all the way out.今天一个word file里有个小表格不能zoom out,结果只好读每行都要
拽来拽去，很费劲。wp8的office带了个sample file,里面有个表格，你们试试看就知
道没法把表缩小到一个屏幕内。

x*u2015-08-01 07:08

6 楼

你是在ipython notebook 里用 %matplotlib inline 的吗？这个语句不是标准python
statement, 是ipython的magic function.
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

r*e2015-08-01 07:08

7 楼

哈哈!

【在 c*******7 的大作中提到】

p*e2015-08-01 07:08

8 楼

wp 8上的pdf reader不是adobe的么

N*n2015-08-01 07:08

9 楼

恩，
那怎么用这个function? 只是让人在server上装了Limix，看了下tutorial有这个命令
，就使了下，有问题，
链接在这儿
https://github.com/PMBio/limix-tutorials/blob/master/LMM_lasso/LMMlasso_
example.ipynb
谢谢

python

【在 x***u 的大作中提到】

: 你是在ipython notebook 里用 %matplotlib inline 的吗？这个语句不是标准python
: statement, 是ipython的magic function.
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

s*12015-08-01 07:08

10 楼

微软自己写的，adobe的在store里没找到。

【在 p****e 的大作中提到】

: wp 8上的pdf reader不是adobe的么

x*u2015-08-01 07:08

11 楼

要么装 Ipython Notebook, 在网页（127.0.0.1:8000）里照搬tutorial里的例子;
要么把第一行去掉。
Ipython Notebook: http://ipython.org/notebook.html
Anaconda: https://store.continuum.io/cshop/anaconda/

p*e2015-08-01 07:08

12 楼

wp 7上有adobe的

【在 s*********1 的大作中提到】

: 微软自己写的，adobe的在store里没找到。

N*n2015-08-01 07:08

13 楼

谢谢，我让我们的管理员装notebook.
这个装好之后，是不是就是个server, 可以打开网页。
我自己的MAC 装limix怎么也装不上, 更新了xcode后，还是不行。
用pip limix install
or python setup install
都出现错误。

【在 x***u 的大作中提到】

: 要么装 Ipython Notebook, 在网页（127.0.0.1:8000）里照搬tutorial里的例子;
: 要么把第一行去掉。
: Ipython Notebook: http://ipython.org/notebook.html
: Anaconda: https://store.continuum.io/cshop/anaconda/

r*p2015-08-01 07:08

14 楼

我去试了一下，个人感觉还好，这个手机版office的作用就是做一点初步的文字编辑，
我觉得够用了。尤其是EXCEL我得赞一下，还不错。
主要是PDF reader啊，太弱智了，却又是唯一的选择。希望其他家赶紧出WP8的PDF
reader

reader
zoom

【在 s*********1 的大作中提到】

: 从USB拷了个pdf到phone,pdf reader 打开看过。通过usb把文件删了，可是pdf reader
: 自己还是keep a copy.pdf reader的.my library里竟然没有删除文件的功能。最后只
: 好uninstall，reinstall。
: 这确实是个烂app。
: office word也不好。已经有一个word文件里的三个图只显示一个。文件view不能zoom
: all the way out.今天一个word file里有个小表格不能zoom out,结果只好读每行都要
: 拽来拽去，很费劲。wp8的office带了个sample file,里面有个表格，你们试试看就知
: 道没法把表缩小到一个屏幕内。

K*n2015-08-01 07:08

15 楼

还没搞定？一看就是新手，以后出了这种事情要赶快外包到印度去解决

N*n2015-08-01 07:08

16 楼

我们的安装的还是你校友，说更新xcode，还是不行呀。
大神什么意见呀？

【在 K****n 的大作中提到】

: 还没搞定？一看就是新手，以后出了这种事情要赶快外包到印度去解决

K*n2015-08-01 07:08

17 楼

主要是看error message是啥？

【在 N******n 的大作中提到】

:
: 我们的安装的还是你校友，说更新xcode，还是不行呀。
: 大神什么意见呀？

N*n2015-08-01 07:08

18 楼

/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/architecture/i386/math.h:477:17:
note: 'lroundl' declared here
extern long int lroundl(long double);
^
In file included from ./src/limix/covar/combinators.cpp:15:
In file included from ./src/limix/covar/combinators.h:19:
In file included from src/limix/covar/covariance.h:18:
In file included from src/limix/types.h:18:
In file included from External/Eigen/Dense:1:
In file included from External/Eigen/Core:28:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/complex:247:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/sstream:174:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/ostream:133:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/locale:192:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/cstdlib:86:
In file included from /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/stdlib.h:61:
/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/available.h:111:6: error: __MAC_
OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must
be >= __MAC_OS_X_VERSION_MIN_REQUIRED
#error __MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must be >= __MAC_OS_X_VERSION_MIN_
REQUIRED
^
13 errors generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
bash-3.2$
这个是 python setup install 的错误。谢谢

【在 K****n 的大作中提到】

: 主要是看error message是啥？

N*n2015-08-01 07:08

19 楼

In file included from /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/stdlib.h:
61:
/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/available.h:111:6: error: __
MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must be >= __MAC_OS_X_VERSION_MIN_REQUIRED
#error __MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must be >= __MAC_OS_X_VERSION_
MIN_REQUIRED
^
13 errors generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1

----------------------------------------
Command "/Library/anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file
__='/private/var/folders/rt/mfpffyf53l137fq6b9s0cn353_jtss/T/pip-build-
YNNNBE/limix/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__
).read().replace('rn', 'n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/
folders/rt/mfpffyf53l137fq6b9s0cn353_jtss/T/pip-mkR4Hp-record/install-record
.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1
in /private/var/folders/rt/mfpffyf53l137fq6b9s0cn353_jtss/T/pip-build-
YNNNBE/limix
bash-3.2$
这个是 python pip install limix 的错误。谢谢

【在 K****n 的大作中提到】

: 主要是看error message是啥？

G*n2015-08-01 07:08

20 楼

检查一下你的Xcode，更新一下

K*n2015-08-01 07:08

21 楼

有13个error，这只是最后一个，不一定还有什么问题
从字面意思来看就是两个库要求的OSX version冲突了
这个库的路径 /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/ 是不是不是 xcode的
？你可以看看环境里的gcc是不是真的指向你更新过的xcode里的 gcc

【在 N******n 的大作中提到】

: /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/architecture/i386/math.h:477:17:
: note: 'lroundl' declared here
: extern long int lroundl(long double);
: ^
: In file included from ./src/limix/covar/combinators.cpp:15:
: In file included from ./src/limix/covar/combinators.h:19:
: In file included from src/limix/covar/covariance.h:18:
: In file included from src/limix/types.h:18:
: In file included from External/Eigen/Dense:1:
: In file included from External/Eigen/Core:28:

N*n2015-08-01 07:08

22 楼

谢谢,我去试一试.

【在 K****n 的大作中提到】

: 有13个error，这只是最后一个，不一定还有什么问题
: 从字面意思来看就是两个库要求的OSX version冲突了
: 这个库的路径 /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/ 是不是不是 xcode的
: ？你可以看看环境里的gcc是不是真的指向你更新过的xcode里的 gcc

t*c2015-08-01 07:08

23 楼

错误提示信息是什么？
你装limix是用系统自带的python还是其它后来装的环境？
个人使用经验是不要去动系统自带的python, 装一个Anaconda（https://store.
continuum.io/cshop/anaconda/），然后用Anaconda来安装管理需要的包。有一些包
用pip等方式很难安装，你可以在anaconda里搜搜看有没有已经编译好了的。

N*n2015-08-01 07:08

24 楼

是 anaconda 里面的python
怎么看有没有编译好的？

【在 t*****c 的大作中提到】

: 错误提示信息是什么？
: 你装limix是用系统自带的python还是其它后来装的环境？
: 个人使用经验是不要去动系统自带的python, 装一个Anaconda（https://store.
: continuum.io/cshop/anaconda/），然后用Anaconda来安装管理需要的包。有一些包
: 用pip等方式很难安装，你可以在anaconda里搜搜看有没有已经编译好了的。

t*c2015-08-01 07:08

25 楼

https://binstar.org/

【在 N******n 的大作中提到】

: 是 anaconda 里面的python
: 怎么看有没有编译好的？

N*n2015-08-01 07:08

26 楼

3x

【在 t*****c 的大作中提到】

: https://binstar.org/