请教ChIP-seq用Dynabeads的问题# Biology - 生物学
f*k
1 楼
我这个问题很奇特,我用Invitrogen的dynabeads做ChIP-seq,最后拉下来的DNA量总是
比较高,做qPCR也没有enrichment,但是用同样的protocol,换回agarose beads,就
很少碰到这种问题。这不合理啊,dynabeads按理说背景要比agarose beads低很多才对
啊?!不知道大家有没有碰到这种情况?我试过好几种洗的方法和试剂,比如最常用的
就是低盐洗一次,高盐洗一次,LiCl洗一次,TE洗两次。也试过用RIPA洗过,也试过大
量延长洗的时间,但是最后elute下来DNA的量还是比较高。
另外,能不能请推荐一个比较好的做转录因子ChIP-seq的盒子或者详细的homemade
protocol?我做的这个转录因子,比较low abundant,可是我的材料是primary tissue
,又没法一次拿到很多的细胞(一次运气好的话可以有50-100million)。看有的文章
说现在10million就可以做转录因子的ChIP-seq了,可是我从来没成功过。现在真是快
被逼死啦。。。。快救救我 :(
比较高,做qPCR也没有enrichment,但是用同样的protocol,换回agarose beads,就
很少碰到这种问题。这不合理啊,dynabeads按理说背景要比agarose beads低很多才对
啊?!不知道大家有没有碰到这种情况?我试过好几种洗的方法和试剂,比如最常用的
就是低盐洗一次,高盐洗一次,LiCl洗一次,TE洗两次。也试过用RIPA洗过,也试过大
量延长洗的时间,但是最后elute下来DNA的量还是比较高。
另外,能不能请推荐一个比较好的做转录因子ChIP-seq的盒子或者详细的homemade
protocol?我做的这个转录因子,比较low abundant,可是我的材料是primary tissue
,又没法一次拿到很多的细胞(一次运气好的话可以有50-100million)。看有的文章
说现在10million就可以做转录因子的ChIP-seq了,可是我从来没成功过。现在真是快
被逼死啦。。。。快救救我 :(