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所谓人各有志

所谓人各有志# Biology - 生物学

t*m2016-03-19 07:03

1 楼

这里天天讨论怎么转行跳出火坑，其实还真有自愿跳进来的。我老板本人就是ee的硕士
后来读了biology（其实是bioegineering），如今也是不错学校的AP了。现在实验室又
来了一个新的graduate student，也是ee的硕士，以前intel的硅工，非要来学biology
。我现在天天带着他做knockin cell line，做pcr鉴定。心里感慨万千，特地来与大家
分享啊....

l*22016-03-19 07:03

2 楼

丛乐不就是自己跳进来的。。。

c*r2016-03-19 07:03

3 楼

看到你这个话题，忍不住回复我所知道的一个人的例子。
这人叫Itai Yanai，以色列人。他本科在波士顿大学读Computer Engineering，应该是
1994年入学，在当时和现在都是很有前途的专业吧。Itai本科时候不老实，爱读闲书，
一不小心读了Richard Dawkins的The selfish gene，从此开始了悲催的一生。。。读
完这本自私的基因，Itai觉得生物是多么奇妙，就毅然决然的转行做生物了，Never
went back。在拿到computer engineering学士和Philosophy of Science学士以后，
Itai考虑到自己懂点计算机和编程，抛弃了作为一名伟大的编程员大好前程，在波士顿
大学读了生物信息学博士，度过了接下来的极其苦闷的五年。。。（他说那几年做生物
很不顺利，尤其是对于他这种没有任何生物背景的人。但是我看他PhD期间文章还有六
七篇，都是不错的杂志。）不管怎么样，他已经中毒很深，不可能回去了。。。
毕业之后，Itai在以色列和哈佛一共做了四年博后，然后在2008年回到了以色列做了PI
。那时候他已经开始从纯生物信息结合发育生物学来开展课题。他选择了相对简单的线
虫作为模型，其中一个主要的原因是线虫所有的细胞lineage都是固定的。Itai本人是
John Sulston的big fan。随着二代测序技术的发展，他敏锐的抓住这个机会，开始做
转录组测序，并思考着怎么改进转录组的研究。尤其是考虑到线虫每个细胞从哪里来到
哪里去的问题都已经十分清楚了，如果能把单个细胞的转录组或者都能测出来，那有多
cool！但问题就在于灵敏度、成本等方面有好多问题还没有解决。
2012年对他来说是重要的一年。类比microarray的一些特点，他开发出了一套自己的单
细胞测序方法：CEL-seq （现在改进版的是CEL-seq2）。虽然只是发到了Cell Reports
，而且没有smart-seq等方法那么流行，这个方法还是有很多独特的优势：1.可以多至
48甚至96个样本做multiplexing，相对成本低；2.通过反转录来线性扩增，比PCR指数
性扩增bias更少；3.缺点同时也算一个优势吧，每个transcript只测3'端的35bp，所以
分析起来十分容易，但是缺少了全长和一些其它信息。它利用这个方法，开始了大规模
的各种测序：线虫单细胞转录组、线虫单胚胎转录组、time series、爪蟾单个胚胎发
育time series转录组测序、十种不同物种间单个胚胎发育time series转录组测序和进
化上的比较。。。越做越多，发了不少好文章，尤其是今年在nature上的一篇文章，第
一次把进化分隔很远的十个不同门类的动物胚胎发育阶段的转录组做了对比，找到了一
些保守的规律，并试图对分类学上“门”这个概念在分子生物学上寻找一些依据，让人
耳目一新，为今后从动物胚胎发育过程中的转录组比较研究，推开一扇门。
由于单细胞转录组的天然优势，这个方法还可以用来研究癌细胞。Itai对癌细胞的演化
、发展也很感兴趣。
Itai Yanai 2014年刚刚拿到tenure，升为副教授。同一年，他在哈佛拿到一个
fellowship，可以待在哈佛访问交流一年（有点类似于很多国内访问学者），做癌细胞
研究和一些自己喜欢的事情。他和他家人很喜欢波士顿，再次回到波士顿就不想离开了
。（这个也很类似很多国内的访问学者吧，不过比国内的很多访问学者还猥琐，老婆孩
子都接过来了。。。）fellowship结束后他们继续待在波士顿一年。（死活赖着不走，
一年项目结束了也不走）Itai四处交流访问、做报告、写书、找学术合作、推广自己的
成果，同时也在面试和negotiation，尝试着能留在波士顿。可惜由于种种原因，他没
能留在波士顿，而是决定去一个稍差的地方，纽约。去纽约最主要的原因是，NYU
Langone医学院决定给他建一个全新的Institute让他领导！但事情并不是一帆风顺，既
然是自己领导的研究所，Itai原准备给这个研究所起名ICE-Med: The Institute for
Computational and Evolutionary Medicine。多酷！这是我所知道的第一个把计算、
进化（演化）和医学放在同一个名字里的研究所，很有想法和创意。可惜最后不知道什
么原因，NYU决定还是叫一个中规中矩的名字：Institute for Computational
Medicine at NYU Langone Medical Center。这是最近的新闻，Itai Yanai五月一号正
式上任。
如果说薛定谔的《生命是什么》影响了一批物理学家跳入生物大坑，还把这个坑越挖越
大，同时极大促进了生物领域自身的发展，我觉得道金斯的《自私的基因》也有这个潜
力。至少Itai Yanai就是一个被成功洗脑的例子。CS背景的Itai中毒不浅，纵身跳入生
物的坑。。。这还不说，作为对道金斯的《自私的基因》的致敬，犹太人Itai和德国生
物信息学家Martin Lercher合写了一本书，叫做《The Society of Genes》，今年年初
刚刚通过哈佛出版社成功发行。这本书主要的想法是，现在的研究都表明，基因大都不
是单个起作用的，而是以一个个的网络来共同行使功能的，所以叫他们一个Society。
所以道金斯的概念过时了，不再是一个个自私的基因了，而是一整个自私自利的基因社
会，多可怕。我觉得叫自私的基因黑社会The Mafia of Selfish Genes会更吸引眼球。
可惜这本书我还没有读完，等读完了有机会写几句吧。这本书马上要被翻译为中文，翻
译事宜还在洽谈中。没有耐心读英文的同学可以等中文出版后捧场和挑错。
回过来看他成功的历程，他的计算机背景强，所以分析数据很有优势；他选材和设计实
验也总是想着从简单方面入手，试着归纳出简单但又有影响的生物规律；虽然他开始的
生物背景很弱，做实验也做得很不顺，但是他思想开放，很愿意与他人交流分享合作，
分享自己的成果同时从他人那里汲取知识和营养，共同发展进步；他结交了各个领域的
很多朋友，给seminar时候总是特别有热情和感染力。。。他是我见过的唯一一个，在
seminar之后和系里学生吃午饭时，记下了在座的每个人的邮箱，说有“作业”要布置
给大家，欢迎大家以后和他交流的professor。。。对了，他最后给大家的“作业”是
这样的：
Hi everyone,
It was a pleasure to meet you all earlier this week. Thank you to Lilly for
sending me your email addresses and to Lingyu for organizing my visit!
Did you get a chance to watch the TED talk I recommended? Here is the link:
http://www.ted.com/talks/amy_cuddy_your_body_language_shapes_wh
Another one you might find inspiring is this one by Uri Alon:
https://www.ted.com/talks/uri_alon_why_truly_innovative_science
leap_into_the_unknown
I wish you all a good semester and do feel free to contact me with any
comments/questions.
With best wishes,
Itai
Itai Yanai是个很忙的猥琐男，每天白天都在做学术交流，满脑子只有学术，晚上娃睡
了才有时间回邮件。但他很重视家庭。他有三个孩子，每天都要争取和家人一起吃晚饭
。他很爱三个孩子，很为他们感到骄傲。Itai爱好挺多，他给《The Society of Genes
》写了一首歌，自弹吉他自唱，YouTube上有视频。
文末还想说一点，之前在其它帖子里也提到过。我是在Broad Institute认识的Itai
Yanai，他当时在那里访问交流。Itai今天的成功，还和他们犹太人之间一直以来的相
互支持是分不开的。我去了这个最顶尖的基因组研究所之后，才发现，这里犹太人的密
度竟是如此之高，很多人直接就用希伯来语交流（所以我觉得国人之间说汉语也很正常
嘛）。在Broad，Eric Lander是美国籍犹太人，Aviv Regev是以色列来美国的科学家，
是Eric Lander在Broad最支持的两个PI之一（另一个就是张锋）。Regev lab也是Broad
Institute最大的实验室，一百来号人。他们每年都有好多以色列来的学者进行学术交
流访问（类似于国内的访问学者），实验室里专门有几个连在一起的办公室，叫做
Hotel，就是给这些短期的访问学者用的。每年Broad还和以色列搞一个学术Retreat，
我没有去过，但是听说挺盛重的，很多以色列的牛人来访问。（中国的访问学者也有很
厉害的，美国的同胞们不要
瞧不起他们。他们回国后还可以合作一起申请国家经费，合作共赢，为以后在国内
发展建立了良好的开始，真不错。）Itai在哈佛的交流结束后，好像一直待在
Broad，直到找到工作。
所以很多时候同胞的互相支持很重要。当然也很不容易，一些实质上的支持和帮助，包
括networking，都挺需要时间上投入的，但很多时候是很值得的。学术上的交流也是，
教学相长。我对测序数据分析的一些细节的深刻理解，很多都是在帮别人和教别人的过
程中学会的。再往大了扯一扯，宏观的生态系统尺度和进化尺度的mutualism、微观的
个体水平和细胞水平的symbiosis、以及人和动物的社会行为及经济行为中合作等
mutualism，都是各个层次Evolution的重要驱动力。不同的体系，相同的概念，生物真
是一个奇妙的东东。
这个帖子扯得太远了。。。

biology

【在 t****m 的大作中提到】

: 这里天天讨论怎么转行跳出火坑，其实还真有自愿跳进来的。我老板本人就是ee的硕士
: 后来读了biology（其实是bioegineering），如今也是不错学校的AP了。现在实验室又
: 来了一个新的graduate student，也是ee的硕士，以前intel的硅工，非要来学biology
: 。我现在天天带着他做knockin cell line，做pcr鉴定。心里感慨万千，特地来与大家
: 分享啊....

l*e2016-03-19 07:03

4 楼

好帖

【在 c*********r 的大作中提到】

: 看到你这个话题，忍不住回复我所知道的一个人的例子。
: 这人叫Itai Yanai，以色列人。他本科在波士顿大学读Computer Engineering，应该是
: 1994年入学，在当时和现在都是很有前途的专业吧。Itai本科时候不老实，爱读闲书，
: 一不小心读了Richard Dawkins的The selfish gene，从此开始了悲催的一生。。。读
: 完这本自私的基因，Itai觉得生物是多么奇妙，就毅然决然的转行做生物了，Never
: went back。在拿到computer engineering学士和Philosophy of Science学士以后，
: Itai考虑到自己懂点计算机和编程，抛弃了作为一名伟大的编程员大好前程，在波士顿
: 大学读了生物信息学博士，度过了接下来的极其苦闷的五年。。。（他说那几年做生物
: 很不顺利，尤其是对于他这种没有任何生物背景的人。但是我看他PhD期间文章还有六
: 七篇，都是不错的杂志。）不管怎么样，他已经中毒很深，不可能回去了。。。

p*e2016-03-19 07:03

5 楼

行行出状元

t*l2016-03-19 07:03

6 楼

工程数理cs背景的跳生物坑和一路纯生物背景的一直在坑里的。。完全不一样。。。
人家基本不算跳坑，本质是来淘宝的。。。走得也大多是交叉学科.....或者只是用自
己的技能来解决生物最热门的问题。。

t*l2016-03-19 07:03

7 楼

而且可以在各种专业间转换的基本也是衣食无忧，科研热情和研究能力(包括前瞻性和
技能点)缺一不可的。
(比如说搞cs的却有眼光进入生物领域的....，如果有你可以给我举个一家n口住小公寓
（只是物质贫乏的某个例子，大家可以自由发散）也不去干马公宁可生物狗的例子。。
那我敬他是条汉子or女汉子...)
同理，以上三样都具备的搞生物的...也基本是top的那一小拨...并不是转行的那类人
。

c*r2016-03-19 07:03

8 楼

所以坑里还是有宝的。坑里的人要加强自身技能树建设，近坑楼台先淘宝啊。

【在 t***l 的大作中提到】

: 工程数理cs背景的跳生物坑和一路纯生物背景的一直在坑里的。。完全不一样。。。
: 人家基本不算跳坑，本质是来淘宝的。。。走得也大多是交叉学科.....或者只是用自
: 己的技能来解决生物最热门的问题。。

t*l2016-03-19 07:03

9 楼

我只是觉得大家看问题要看到本质。。
这种起码是可进可退的例子(更不要说ls各位说的那些大神其实都是温拿)...跟中老年
无路可退的生物千老没有可比性哎。。
所以该干嘛还是干嘛吧...
起码请多掌握些实用技能...多走出去扩宽自己的视野...总是没错的。。。哎。。

c*r2016-03-19 07:03

10 楼

我很赞同你的观点。衣食无忧，科研热情和研究能力
其实当年大家出国，哪个不是心理美滋滋的，每年两三万的奖学金，衣食无忧绝对没问
题，理财好的搞个房子都没问题。只是现在其它行业更火了，坑里的人心理不平衡了。
衣食无忧这一点我觉得生物这个行业基本满足了，当然有待提高，毕竟还不是最高的。
科研热情和研究能力就看个人的追求了。要想有所发展，很多技能真的是需要下功夫去
学习和掌握的。只能说这个行业变化太快，新技能更新慢了，也许就要被淘汰了。不仅
仅是生物，很多其它表面光鲜的行业也有如此的。

【在 t***l 的大作中提到】

: 而且可以在各种专业间转换的基本也是衣食无忧，科研热情和研究能力(包括前瞻性和
: 技能点)缺一不可的。
: (比如说搞cs的却有眼光进入生物领域的....，如果有你可以给我举个一家n口住小公寓
: （只是物质贫乏的某个例子，大家可以自由发散）也不去干马公宁可生物狗的例子。。
: 那我敬他是条汉子or女汉子...)
: 同理，以上三样都具备的搞生物的...也基本是top的那一小拨...并不是转行的那类人
: 。

c*r2016-03-19 07:03

11 楼

是的

【在 t***l 的大作中提到】

: 我只是觉得大家看问题要看到本质。。
: 这种起码是可进可退的例子(更不要说ls各位说的那些大神其实都是温拿)...跟中老年
: 无路可退的生物千老没有可比性哎。。
: 所以该干嘛还是干嘛吧...
: 起码请多掌握些实用技能...多走出去扩宽自己的视野...总是没错的。。。哎。。

t*l2016-03-19 07:03

12 楼

握爪~~
加油~:)

【在 c*********r 的大作中提到】

: 是的

c*r2016-03-19 07:03

13 楼

握爪~~
加油~ :)

【在 t***l 的大作中提到】

: 握爪~~
: 加油~:)

j*r2016-03-19 07:03

14 楼

mark!

【在 c*********r 的大作中提到】