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研究G-quadruplex对transcription的影响
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研究G-quadruplex对transcription的影响# Biology - 生物学
S*Z
1
text or call 818 975 0390
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r*e
2
现在要做一个实验:研究g-quadruplex对transcription的影响
我的设计大概是:
pcr product为template,加入kcl,95度,然后cool overnight;从而加强g-
quadruplex的结构
然后用上面的产物,做in vitro transcription,然后检测最后的rna yield
1. 不知道有没有这种做法的。
2. 我应该用多少pcr product作为template呢?
研究g-quadruplex一般用4-10uM的oligo,加入100mM kcl。。。貌似4-10uM的oligo大
概也是700ng/ul,我觉得我的pcr 产物都达不到这么高的浓度
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S*Z
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X*U
4

PCR产物要多少有多少吧。你这个实验对照是啥,不行成G4的PCR产物?
RNAyield怎么检测?同位素?

【在 r**********e 的大作中提到】
: 现在要做一个实验:研究g-quadruplex对transcription的影响
: 我的设计大概是:
: pcr product为template,加入kcl,95度,然后cool overnight;从而加强g-
: quadruplex的结构
: 然后用上面的产物,做in vitro transcription,然后检测最后的rna yield
: 1. 不知道有没有这种做法的。
: 2. 我应该用多少pcr product作为template呢?
: 研究g-quadruplex一般用4-10uM的oligo,加入100mM kcl。。。貌似4-10uM的oligo大
: 概也是700ng/ul,我觉得我的pcr 产物都达不到这么高的浓度

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r*e
5
对照组的话,我是比较不同长度的G4,比如5个G4和10个G4的区别
RNA yield,我就是In vitro transcription,然后用bio-spin column purify RNA,
去除比如single nucleotide;然后直接nano-drop来测量。不知道nanodrop行不行?
另外,关于初始浓度
文献上是30nt的oligo,用100mM KCL 稀释成4uM;
而我的pcr 产物有300nt,那么是不是使用的浓度直接是 (30nt * 4uM)/ 300nt = 0.
4uM就可以了?
也就是,我的pcr 产物直接用100mM KCL稀释成0.4uM?
换句话说,还是看最后的质量浓度 ng/ul ?长度长的template,molecular weight大
,需要的摩尔浓度低
关键是,我不知道如何搭配DNA vs KCL的浓度,来获得一个induce g-quadruplex最好
的环境,所以只能根据已有的文献进行换算

【在 X****U 的大作中提到】
:
: PCR产物要多少有多少吧。你这个实验对照是啥,不行成G4的PCR产物?
: RNAyield怎么检测?同位素?

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