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请教一个用R做cox regression的问题

请教一个用R做cox regression的问题# DataSciences - 数据科学

d*92017-03-23 07:03

1 楼

嫁给自己人离婚率就够高的了，嫁给老外离婚率更高。也许很多女人嫁给老外都不是为
了终生幸福而是像邓文迪那样为了绿卡吧。我有一个姐们儿跟美国老公离婚了，说是生
活习惯不同，大家完全不能同一个节奏生活，相处的越来越不愉快。她还是挺沮丧的，
因为她老公绝对称得上是帅哥型男，典型的欧美肌肉爷们。
姐们儿估计也是冲着美国身份和前夫的颜值去的，可惜她费了半天劲想改变自己，骨子
里的东西还是很难改变，最终还是不能一起生活到老。看看明星的嫁老外离婚率吧，目
前我知道中国男明星娶了外国女人做老婆有没离婚的，但是还没看见有哪个女明星嫁了
外国老公没离婚的呢，尤其是嫁给的欧美男人。宁静、韦唯、邓文迪都是很出名的例子
。分手的也有很多，章子怡之前秀大钻戒还有海滩艳照，还差点进入上流社会，最后也
是分手告终，还有张曼玉也是这样的结果，和外国男人混了那么久依旧是没有修成正果。
有的东西从根本上就不同，不是想改就能改变的，也不知道嫁给老外是出于目的还是真
爱，总之想嫁老外就必须先做好将来离婚的思想准备，因为这太容易实现了，我现在认
识的朋友都有个群了，里面全是跟老外离婚的中国女人，每天谈论的都是接下来再要嫁
人是选择中国人还是外国人，90%以上表示不会再找外国人了。

r*u2017-03-23 07:03

2 楼

统计的东西不太懂，看的糊里糊涂的，请大虾给讲讲，轻拍-_-|||
比如我想分析以下这些因素与生存时间的关系，
Surv（time, event）~ gender + age + drug dose + race + ....
我想找出其中与survival相关的因素及其hazard proportion，
1）关于coxph
那些p>0.05的因素是不是可以直接剔除了？
2）cox.zph
是不是要先做coxph，把p<0.05的因素放在新的公式里做cox.zph。
好像说p<0.05的是不符合PH的，需要转换成interaction或分层，可是到底是应该选哪
个呢？
不知道是不是有点不知所云，谢谢~~

w*t2017-03-23 07:03

3 楼

cox.zph is used to test the ph assumption, i.e., if the effect of a
covariate changes along with time. The theory behind this test is explained
here:
http://psfaculty.ucdavis.edu/bsjjones/coxslides2.pdf
If the pvalue from cox.zph is too small to assume the ph assumption holds,
you can use stratified cox ph model, see https://stat.ethz.ch/education/
semesters/ss2011/seminar/contents/presentation_5.pdf
To select the best model, use Likelihood ratio test.
But in reality the problem is more complex. For example, some variables may
be unrelated to the response variable or there may be multicollinearity
problem.
If your priority is prediction accuracy, try to figure out a way to use
cross validation.

z*12017-03-23 07:03

4 楼

是否剔除covariates 取决于很多条件，but not P value。
1. 正如楼上所提及的LRT test 可用作model选择, 另外还有AIC, BIC等等；
2. 取决于domain knowledge，例如Age， gender 等variables 通常必须考虑进入
model， no matter what happened on LRT test, AIC, BIC。简单来说，如果已知
variables对 survival有影响，就必须do adjustment。

【在 r*****u 的大作中提到】

: 统计的东西不太懂，看的糊里糊涂的，请大虾给讲讲，轻拍-_-|||
: 比如我想分析以下这些因素与生存时间的关系，
: Surv（time, event）~ gender + age + drug dose + race + ....
: 我想找出其中与survival相关的因素及其hazard proportion，
: 1）关于coxph
: 那些p>0.05的因素是不是可以直接剔除了？
: 2）cox.zph
: 是不是要先做coxph，把p<0.05的因素放在新的公式里做cox.zph。
: 好像说p<0.05的是不符合PH的，需要转换成interaction或分层，可是到底是应该选哪
: 个呢？

r*u2017-03-23 07:03

5 楼

谢谢楼上两位的回复。
是不是说cox.zph，p<0.05的variable需要进行转换，不能直接用。至于具体是怎么转
换，比如是strata（gender），还是age*gender，这些要根据实际情况来定，没有可以
套用的普试的方法来帮忙决定？
2. 请问一下coxph里面的p>0.05的variables怎么处理？如果不是作为剔除标准，那他
们在那里干什么用呢？又不显著。怎么样可以剔除一些variables呢？如果有好几十个
variables。
另外，您给的那两个pdf实在看不懂，不好意思，看到那些公式就蒙了-_-||