十分钟一张miRNA-靶基因互作网络图！看这篇就够了！

生物信息学相关的文章，因为发文速度快，仅需要少量实验验证，深受广大毕业硕博们以及急需文章的医师们喜爱。

文章主体部分可以学习解螺旋的零基础GEO数据库数据挖掘课程，实验验证部分可以学习猫大的酸谈实验室。

然而文章除了主体部分，还需一些枝叶来丰富数据以及显示我们的工作量。

接下来我会介绍

首先我们介绍几个miRNA的在线数据库以及如何通过筛选到的靶基因或者hub基因搜索与之相关的miRNAs。

1、miRTarBase v8.0

数据库miRTarBase v8.0，是一个寻找miRNA非常便捷的网站（图1）。点击download，即可跳转到下载页面（图2），可以下载经过实验验证的或者文献提及存在共表达的miRNA与靶基因互作数据，这里的数据是按照物种统计的。

图1. miRTarBase v8.0主页

图2. miRTarBase v8.0下载页面

点击图1的Statistics，还会跳转到数据统计页面，不得不说，这个数据库纳入的还是非常全的，有人、小鼠、大鼠还有其他物种的；使用荧光素酶检测的、芯片检测的、测序检测的还有CLIP-seq检测的，都有（图3）。

图3. miRTarBase v8.0数据统计页面

点击图1中的Search，即可跳转到检索页面。另外该数据库还是可以基于实验结果进行批量检索（图4）。

图4. miRTarBase v8.0数据批量检索

之后，就可以去构建miRNAs-hub genes网络图了。

2、miRWalk 3.0

另外一个比较友好的在线数据库叫miRWalk 3.0，它是一个很便捷的检索网站（图5）。中间有一个检索框，可以根据实验的相关种属进行接下来的检索。比如检索基因名称XBP1，只需在Gene之后的搜索框输入XBP1即可，就会跳转到相关页面（图6）。同样地，输入miRNA名称也会跳转到相关页面（图7）。

图5. miRWalk 3.0网站页面

图6. miRWalk 3.0网站检索基因名称跳转页面

图7. miRWalk 3.0网站检索miRNA名称跳转页面

在图5中，下半部分还有一个Target Mining，后两个不用看，造成的假阳性太大，只看前两个。这个可以进行批量上传miRNA和基因名称，从而可以批量获得二者结合数据。值得注意的是，每个miRNA和基因名称必须准确，而且每行一个（图8、图9）。

图8. miRNA数据挖掘批量上传页面

图9. 基因名称数据挖掘批量上传页面

这些数据都是可以下载，然后Excel打开的。打开之后，就可以去构建miRNAs-hub genes网络图了。如何去构建网络图，可以使用Cytoscape进行图片绘制。

3、其他

当然还有一些其他相关网站，操作都是大同小异，这里就不再多做介绍了。

图10. 不同miRNA-靶基因预测网站

4、使用Cytoscape构建miRNA-hub基因网络图

接下来，我们介绍一下如何使用Cytoscape构建miRNA-hub基因网络图。首先得有一个关于miRNA与靶基因相关联的表格文件以及该miRNA与靶基因的属性的表格文件，如下图所示：

之后就可以使用Cytoscape进行miRNA-hub基因网络图绘制了。将上述两个表格分别导入Cytoscape即可。

软件会根据导入的属性表格文件信息判定哪一个是miRNA，哪一个是靶基因，所以只需要在左侧的style中将二者修改为不同的格式，然后导出图片就可以啦。即如下图所示，将颜色和形状根据attribute进行修改，修改完成的图片导出就行，另外导出时候像素一定要选择最大像素，这样可以防止组图时候因图片像素问题还得返工。

好了，miRNA-hub基因网络图的构建就讲完了，是不是很简单，还不赶紧实操起来吧。另外，如果使用了相关在线数据库或者软件，要记得进行相关引用呀。