目前中国高等学校和研究机构有一个重要问题没有得到重视：中国存在大量粗制滥造研究生的问题，很多博士不合格，发表没有意义的文章（或者有意义但自己不懂，而是老师包办代替的结果），毕业后走向研究为主的岗位。有人提出：医生因为晋升被迫写文章，写不出来所以产生各种造假，是目前全世界论文造假的第一原因。研究生因为需要论文毕业而各种造假，是目前论文造假的第二大原因。研究生都试着朝博士方向，但如果发现不行（自己发现其实不感兴趣、或者老师发现其实学生不合适，等等），以硕士作为分流，不用做研究、不用发论文，只要课程及格就毕业并获硕士学位。研究生和导师双方在培养过程中判断是否合适，不行可以有硕士学位分流，两年基本训练得到肯定，而避免学生继续进行自己不合适的研究。很多学科（如生物医学）的硕士和博士，不合适分开（读了硕士再读博士），这样的两段分割出产的质量很低。应该一次以博士为目标，如果不行就中间以硕士结束，更合适。目前，研究生数量非常大，每一个老师对每一个学生的培养时间较少。而且实际上研究生只要入学了，基本保证毕业(入学后不毕业、不获得博士学位的可能性非常低，肯定不到百分之五)。很多（超过50%）的老师把研究生（博士生）当成苦力，让研究生卖力，也误导一些发了论文的研究生认为自己是研究人才，以后就业时低不成高不就。从1996年起，我曾多方面想方设法帮助中国的研究生：3）也在研究生个人可以离开有矛盾的老师、到我实验室完成研究生学习的个人层面。1990年代的中国科学院人才外流严重，剩下的老师大多数不愿意教课。我先是在中国科学院上海生命科学研究中心发起讲课，再参与1999年成立的中国科学院神经科学研究所的讲课。从2000年开始，与吴家睿发起在中国科学院上海生命科学研究院（下含生物化学和细胞生物学、神经科学、药物、植物生理学等多个研究所）讲“分子生物学”和“细胞生物学”课（2003年后扩展到北大、清华，课程改名“BIO2000”，早几年的课应该是全中国生命科学研究生课程里面质量第一的，曾获中国科学院教学特等奖，后来多种原因导致质量下降，包括各个单位推出的课程多了、愿意教学的老师多了，也包括该课程后来的组织者——特别是北大的组织者——不负责任）。施一公和我全职回国后不久，我们在两校都提高研究生收入，并提请国家全面提升研究生收入。7、8年后，一公还发起过一次提请国家提高研究生收入。两次全面提升全国研究生收入。随着北大的生命科学研究力量提升，研究生课程全面提升，数量增加，质量有根本改变。现在，一大批后起之秀，认真负责，开出很多很好的研究生课程。
我自己以前在发育生物学、遗传学、神经生物学都参与（包括很深程度参与）研究生课程教学，到现在只参与神经生物学研究生课程教学，而主要是主持本科生的《生物学概念与途径》一门，其他都是客串。到北大的几年，为了化解其他导师和研究生的矛盾，我实验室有很多研究生是其他实验室转来的，其中有些确实是老师的问题、有些则是学生的问题。我收留这些学生，是为了帮助他们。导师和研究生的关系，应该是双方自愿——学生愿意探讨科学，从事探索深入科研前沿的职业；老师愿意带学生，也与学生共同有学术产出。北大生命科学的研究生毕业没有论文限制，而是导师不能在内的答辩委员会投票。所以，如果只是为了职业而需要弄一个研究生学位，那学生学习期间得到的训练是足够的、委员会就会认可达到标准了，就可以准许毕业，并不需要发表论文。新的学生来了，应该有很好的摸索（老师也看学生特长所在），然后做合适的课题。早期可以指导，后期主要是辅导，而学生应该自我成长。如果学生没有兴趣，老师大可不必逼学生做研究、出论文。这种论文，有出问题的危险性，即使是对的、正常发表也不能给同行其他研究者带来高兴，更不会激发出同行的欣赏以及带来学术成果新发现的兴奋。导师对学生的帮助应该是有限度的，帮助过度，反而可能会害了学生、害了社会。有一天，学生答辩北大博士，我以为答辩委员会投票肯定通不过，所以等待答辩之后自己需要给学生善后。结果，却通过了。我问答辩委员会，怎么通过的，答案是：还有比这更差的。这可能是目前现状，至少在中国的实验科学，估计有相当一些硕士、博士是不合格的。对于不合适做研究生、不合适毕业的研究生，迟迟留在实验室，不去探寻自己真正合适的职业，是帮助学生，还是耽误学生？对于没有能力发论文的研究生，导师和实验室拼命帮助，制造的结果，是帮助了学生？还是让学生误认为自己能够做研究、不知道应该早早转行？不合格的学生，发的论文，有意义吗？多用了国家资源，值得吗？让外界认为这是博士、学者，导师和单位算诚恳吗？一个好的研究生，应该是或者对自己的研究充满热情，或者对研究没有热情、但对自己的职业生涯有责任心。如果两者都没有，肯定不应该读博士。
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