转录检查点丨创新性强、受SCI期刊青睐；渐由基础研究转向临床应用，由癌症研究转向更广泛疾病探索（2022）

2022-10-13 00:10

Knowledge is power.

Bringing medical advances from the lab to the clinic.

（👆，仅限于医生和生物科研者）

关键词：转录检查点/Transcriptional checkpoint；基金；临床科研

导言：
国自然基金撰写正在启动中，群友发来信息，说之前写过的检查点/checkpoint的内容里，主要是关于免疫检查点/immune checkpoint的，希望进一步专门解读“转录检查点”相关的研究大数据分析。

1，论文质量和增速

到2022年10月12日，转录检查点研究领域已经发表了4,586篇PubMed收录的论文。2011年仅有171篇论文，2021年达到了597篇，2022年到目前已经发表了3,064篇论文；论文发表数量快速增长。
转录检查点研究成果30.0%发表在9分+期刊，6.2%发表在24分以上期刊；并且最近几年的论文发表数量增速堪比火箭。绝对是倍受瞩目的热点。

(转录检查点研究发表的期刊分布及时间分布）

2，美国国立卫生研究院基金资助

美国目前专门用于转录检查点研究的课题达2,670项。从2011的73项，一直到2021年的423项。

(美国国立卫生研究院基金资助的时间分布和项目数量）

转录检查点的研究特别重要，因为转录调控涉及到几乎全部生理、病理过程，也包括了免疫细胞在内的细胞的生长发育调控（例如，CD4 + T 辅助细胞的分化、记忆CD8 + T 细胞的功能、Treg 细胞的发育、先天免疫细胞的作用等）。（PMID:27374329，PMID:34758300，PMID:34930302，PMID:31734149）

（肺腺癌中，一个表达转录因子TCF-1的CD8+T 细胞亚群，驱动对免疫检查点阻断的反应。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33432200/）

（TCF-1决定了记忆 CD8+ T细胞的发育。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31734149/）

转录检查点的机制研究在对多种疾病的干预、生长发育的调控等领域的取得了不同程度的进展（例如，转录检查点对抗肿瘤、抗感染的意义）；其中干预/调控免疫细胞发育/分化的转录检查点研究，使免疫治疗的抗肿瘤/抗感染效果如虎添翼。
转录检查点的研究一直以来都是顶级期刊、基金资助、临床研究、药物研发上市的多重热点。

为了解目前在转录检查点领域的研究进展，我们对最近1年发表的论文做了全面解读，以找到这方面的研究热点、最重要的研究论文等。

检索数据库：Medline
检索工具：文献鸟/PubMed
检索时间：Octorber 12, 2022
检索及分析机构：Healsan Consulting LLC（美国恒祥咨询）; Stork（文献鸟）

检索词：Transcription*[Title/Abstract] AND checkpoint*[Title/Abstract]

一，转录检查点研究论文大数据分析
转录检查点论文发表的

时间和国家分布

全球已经在转录检查点领域发表了4,586篇Medline收录的文献;文献鸟则检索到4,544篇，对其中的4,543篇文献进行分析。

时间分布显示，可以看到针对转录检查点的研究论文数量，2018年有256篇，2021年为530篇，2022年至今为止是502篇。

国家分布可以看到，美国发表的文章数占42.8%；
中国发表的研究论文数量为842篇，占18.5%，排在第二位；
德国、日本和法国分列第三到五位。

（SCI论文的时间和国家分布）

学术机构排名

美国国家癌症研究所、Dana-Farber Cancer Institute、德克萨斯大学MD安德森癌症中心等所在大学发表的论文最多。
德克萨斯大学MD安德森癌症中心、武汉同济医学院协和医院、圣裘德儿童研究医院、杜克大学医学中心、华西医院等是发表论文最多的医院。

（全球发表论文的机构排名）

研究热点基因和相关疾病

如下图所示，显示ATM、STAT3、ATR、MYC、FOXM1等是转录检查点研究中最受关注的位点。

压力应激、乳腺癌、黑色素瘤、肺癌、白血病等是转录检查点研究中最关注的疾病。
转录检查点研究也涉及其他癌症，HIV感染、新冠感染、HPV等病毒感染性疾病，以及糖尿病、心肌炎等疾病。

（转录检查点研究相关的基因和疾病）

哪些期刊喜欢转录检查点研究？

可以看到发表转录检查点相关研究最多的五个杂志是J Biol Chem (IF=5.5) 、 Oncogene (IF=8.8)、 Proc Natl Acad Sci U S A (IF=12.8)、 Cancer Res (IF=13.3) 、 Mol Cell Biol (IF=5.1)等。

总体看，转录检查点的研究论文发表质量比较高。

（发表论文的杂志分布）

我们也附上部分期刊的影响因子、分区、从投稿到接受的天数等，对于投稿有非常重要的参考价值。

可以看到，转录检查点研究发表最多的期刊是1区期刊。这显示了这个领域极强的创新性，也意味着是基金申请时重要的立项依据。

最有影响力学者及其关系网

国际转录检查点研究论文中
最有影响力的学者。

（学术大咖及其关系网。）

学者影响力是基于
学者在该领域的论文影响因子总分。

其中美国贝勒医学院的Elledge, S J，英国邓迪大学的Cantrell, Doreen A，美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Rudin, Charles M等是转录检查点研究领域最为活跃的学者。

二，转录检查点研究领域
的经典论文

除了发表论文的数量和研究者论文影响力之外（数量+质量），单篇论文被引用次数是评价其学术影响力的重要指标。
所以我们通过大数据分析找到高引用论文，即领域内的经典论文。

高影响力的5篇SCI论文依次为：

Vining KH, et al. Mechanical checkpoint regulates monocyte differentiation in fibrotic niches. Nat Mater. 2022 Aug;21(8):939-950. doi: 10.1038/s41563-022-01293-3. Epub 2022 Jul 11. PMID: 35817965.
He MX, et al. Transcriptional mediators of treatment resistance in lethal prostate cancer. Nat Med. 2021 Mar;27(3):426-433. doi: 10.1038/s41591-021-01244-6. Epub 2021 Mar 4. PMID: 33664492; PMCID: PMC7960507.
Fletcher CE, et al. A non-coding RNA balancing act: miR-346-induced DNA damage is limited by the long non-coding RNA NORAD in prostate cancer. Mol Cancer. 2022 Mar 22;21(1):82. doi: 10.1186/s12943-022-01540-w. PMID: 35317841; PMCID: PMC8939142.
Qiu Z, et al. Transcription Elongation Machinery Is a Druggable Dependency and Potentiates Immunotherapy in Glioblastoma Stem Cells. Cancer Discov. 2022 Feb;12(2):502-521. doi: 10.1158/2159-8290.CD-20-1848. Epub 2021 Oct 6. PMID: 34615656; PMCID: PMC8831451.
Tian Y, et al. Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer. Signal Transduct Target Ther. 2022 Oct 5;7(1):346. doi: 10.1038/s41392-022-01150-4. PMID: 36195615; PMCID: PMC9532437.

被引用次数最多的5篇论文依次为：

Caushi JX, et al. Transcriptional programs of neoantigen-specific TIL in anti-PD-1-treated lung cancers. Nature. 2021 Aug;596(7870):126-132. doi: 10.1038/s41586-021-03752-4. Epub 2021 Jul 21. Erratum in: Nature. 2021 Oct;598(7881):E1. PMID: 34290408; PMCID: PMC8338555.
Wong GLH, et al. How to achieve functional cure of HBV: Stopping NUCs, adding interferon or new drug development? J Hepatol. 2022 Jun;76(6):1249-1262. doi: 10.1016/j.jhep.2021.11.024. PMID: 35589248.
Kadono K,et al. Myeloid Ikaros-SIRT1 signaling axis regulates hepatic inflammation and pyroptosis in ischemia-stressed mouse and human liver. J Hepatol. 2022 Apr;76(4):896-909. doi: 10.1016/j.jhep.2021.11.026. Epub 2021 Dec 3. PMID: 34871625.
Qiu Z, Zhao L,et al. Transcription Elongation Machinery Is a Druggable Dependency and Potentiates Immunotherapy in Glioblastoma Stem Cells. Cancer Discov. 2022 Feb;12(2):502-521. doi: 10.1158/2159-8290.CD-20-1848. Epub 2021 Oct 6. PMID: 34615656; PMCID: PMC8831451.
Ryu S,et al. The matricellular protein SPARC induces inflammatory interferon-response in macrophages during aging. Immunity. 2022 Sep 13;55(9):1609-1626.e7. doi: 10.1016/j.immuni.2022.07.007. Epub 2022 Aug 12. PMID: 35963236; PMCID: PMC9474643.

三，如何开启自己的
转录检查点研究

除了前面内容，您已经深信不疑的是：转录检查点研究很值得做。尤其是研究生选题，可能这是一辈子课题的好起点。
问题是：如何开始呢？
最简单的方法：从模仿，到超越。

A，基础研究：

在研基金

如美国Fred Hutchinson Cancer Center的‪Toshio Tsukiyama目前在研的2项课题。

题目分别为：

Molecular mechanisms and functions of global chromatin control
Molecular mechanisms and functions of global chromatin control

发表的论文

如美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Rudin, Charles M：

(2022) Genomic and transcriptomic analysis of a library of small cell lung cancer patient-derived xenografts. Nat Commun
(2022) Regulation of neuroendocrine plasticity by the RNA-binding protein ZFP36L1. Nat Commun
(2022) Rb tumor suppressor in small cell lung cancer: Combined genomic and immunohistochemical analysis with a description of a distinct Rb-proficient subset. Clin Cancer Res

B，转化医学：

在研基金

如美国City of Hope的Marcin Kortylewski目前在研的2项课题。

题目分别为：

Cell-Selective CpG-STAT3 Inhibitors for Radioimmunotherapy of Malignant Glioma
Targeting Transcriptional Regulators for Immunotherapy of Acute Myeloid Leukemia

发表的论文

如美国宾夕法尼亚大学的Elledge, S J，

(2022) Human epigenetic and transcriptional T cell differentiation atlas for identifying functional T cell-specific enhancers. Immunity
(2021) Autoreactive CD8+ T cells are restrained by an exhaustion-like program that is maintained by LAG3. Nat Immunol
(2021) Impaired Lymphocyte Responses in Pediatric Sepsis Vary by Pathogen Type and are Associated with Features of Immunometabolic Dysregulation. Shock
(2021) Batf-mediated epigenetic control of effector CD8+ T cell differentiation. Sci Immunol

Hanson解读：

通过针对转录检查点论文的大数据分析，我们可以快速了解该领域研究的总体势态、研究热点、重要机构、突出学者、经典论文及这些论文发表的期刊分布。

1）转录检查点研究，目前是医生科学家最好的切入时机。

一方面，转录检查点的机制已经比较清楚；另一方面，目前针对转录检查点在已经突破出癌症研究，在病毒感染性疾病、糖尿病等疾病中得到广泛重视。

2）论文发表。

针对转录检查点研究，目前发表了4,586篇Medline论文，且论文数量快速增长。且有非常高的比例发表在高质量期刊上。

其中发文最多期刊是J Biol Chem (IF=5.5) 、 Oncogene (IF=8.8)、 Proc Natl Acad Sci U S A (IF=12.8)、 Cancer Res (IF=13.3) 、 Mol Cell Biol (IF=5.1)等。有30.0%的研究发表在影响因子大于9分的期刊,6.2%发表在24分以上期刊。
3）涉及临床疾病。

转录检查点研究领域广泛，除了肿瘤治疗（实体肿瘤+非实体肿瘤）、感染外，涉及到几乎全部生理、病理过程，在多种疾病的干预、生长发育的调控等领域都有研究。
4）转化医学

针对转录检查点研究最有影响力的论文，已经由机制探索、细胞和动物实验，转向临床转化和研发。
5）由于我们的专业知识所限，本大数据分析可能存在误差；且仅为学术交流用，不用于任何排名或者比较。也期待各位专家点评及提出改进意见。

7）更多热门靶点报告，在本公众号主页面下回复“靶点”查看；如回复“肿瘤科”或“外泌体”，获得对应研究领域推送资料。

既往相关推文：

基金新热点"转录检查点"，1/3研究发在9+SCI；疾病异质性的关键之一，免疫治疗的明星

医学科研群：

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编辑：Henry，微信号：Healsan。

作者简介：美国Healsan Consulting(恒祥咨询)，专长于医学生物大数据分析、临床科研设计和SCI论文深度润色；并提供上述服务，包括针对您课题的大数据分析。

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来源: qq

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