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用CRISPR建stable cell line
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用CRISPR建stable cell line# Biology - 生物学
C*3
1
请问AOS期间EAD/AP renew从递交材料到批准的这1-2个月,申请人都必须在美国吗?递
材料的
时候在,批准的时候不在行不行?
谢谢
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c*1
2
以前用CRISPR,都是用在原代细胞上,因为转染效率极低,所以,只有用lentivirus来
做。
先要建立几个KO的stable cell line。首先,不经过仔细思考的办法,就是用
LentiCrispr的慢病毒来做,然后加puro筛选。但是,这个方法不好的地方是,Cas9一
直表达,时间长了,off target肯定会比较多。
后来觉得,用Tet On的promoter来控制Cas9的表达,这样只在短时间内表达,应该会好
很多。
后来再一想,这个gene edit,本来就是permanent的。没必要用lentivirus来,这
lentivirus还会整合到genome里,顺便破坏哪个基因还不晓得。为什么不直接用
transfection呢?唯一可能的问题就是效率可能低了点。还有可能问题的,瞬时
transfection,通常每个细胞的plasmid会很多,这样Cas9的量太高了,会不会又会增
加off target的概率?
大家一般是首选什么策略?
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t*k
3
mark一下,也在原代细胞里面做
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a*n
4
也可以用别的不整合的virus

【在 c****1 的大作中提到】
: 以前用CRISPR,都是用在原代细胞上,因为转染效率极低,所以,只有用lentivirus来
: 做。
: 先要建立几个KO的stable cell line。首先,不经过仔细思考的办法,就是用
: LentiCrispr的慢病毒来做,然后加puro筛选。但是,这个方法不好的地方是,Cas9一
: 直表达,时间长了,off target肯定会比较多。
: 后来觉得,用Tet On的promoter来控制Cas9的表达,这样只在短时间内表达,应该会好
: 很多。
: 后来再一想,这个gene edit,本来就是permanent的。没必要用lentivirus来,这
: lentivirus还会整合到genome里,顺便破坏哪个基因还不晓得。为什么不直接用
: transfection呢?唯一可能的问题就是效率可能低了点。还有可能问题的,瞬时

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h*y
5
可以考虑用Cas9的mRNA

【在 c****1 的大作中提到】
: 以前用CRISPR,都是用在原代细胞上,因为转染效率极低,所以,只有用lentivirus来
: 做。
: 先要建立几个KO的stable cell line。首先,不经过仔细思考的办法,就是用
: LentiCrispr的慢病毒来做,然后加puro筛选。但是,这个方法不好的地方是,Cas9一
: 直表达,时间长了,off target肯定会比较多。
: 后来觉得,用Tet On的promoter来控制Cas9的表达,这样只在短时间内表达,应该会好
: 很多。
: 后来再一想,这个gene edit,本来就是permanent的。没必要用lentivirus来,这
: lentivirus还会整合到genome里,顺便破坏哪个基因还不晓得。为什么不直接用
: transfection呢?唯一可能的问题就是效率可能低了点。还有可能问题的,瞬时

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a*a
6
gRNA不用lenti不就行了

【在 c****1 的大作中提到】
: 以前用CRISPR,都是用在原代细胞上,因为转染效率极低,所以,只有用lentivirus来
: 做。
: 先要建立几个KO的stable cell line。首先,不经过仔细思考的办法,就是用
: LentiCrispr的慢病毒来做,然后加puro筛选。但是,这个方法不好的地方是,Cas9一
: 直表达,时间长了,off target肯定会比较多。
: 后来觉得,用Tet On的promoter来控制Cas9的表达,这样只在短时间内表达,应该会好
: 很多。
: 后来再一想,这个gene edit,本来就是permanent的。没必要用lentivirus来,这
: lentivirus还会整合到genome里,顺便破坏哪个基因还不晓得。为什么不直接用
: transfection呢?唯一可能的问题就是效率可能低了点。还有可能问题的,瞬时

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O*l
7
干嘛这么麻烦,用CRISPR质粒 (px330系列)transient表达Cas9和gRNA,同时转两个
,KO效率还是很高的。
如果要做整合,用lenti表达Cas9, 再转入gRNA就是了。不过lenti-Cas9的titer较低,
整合效率不高。

【在 c****1 的大作中提到】
: 以前用CRISPR,都是用在原代细胞上,因为转染效率极低,所以,只有用lentivirus来
: 做。
: 先要建立几个KO的stable cell line。首先,不经过仔细思考的办法,就是用
: LentiCrispr的慢病毒来做,然后加puro筛选。但是,这个方法不好的地方是,Cas9一
: 直表达,时间长了,off target肯定会比较多。
: 后来觉得,用Tet On的promoter来控制Cas9的表达,这样只在短时间内表达,应该会好
: 很多。
: 后来再一想,这个gene edit,本来就是permanent的。没必要用lentivirus来,这
: lentivirus还会整合到genome里,顺便破坏哪个基因还不晓得。为什么不直接用
: transfection呢?唯一可能的问题就是效率可能低了点。还有可能问题的,瞬时

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d*i
8
没做过,弱问transient transfection之后怎么分离KO的clone?

【在 O*****l 的大作中提到】
: 干嘛这么麻烦,用CRISPR质粒 (px330系列)transient表达Cas9和gRNA,同时转两个
: ,KO效率还是很高的。
: 如果要做整合,用lenti表达Cas9, 再转入gRNA就是了。不过lenti-Cas9的titer较低,
: 整合效率不高。

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G*s
9
Tet-on promoter does NOT work very well.
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O*l
10
共转带Puro/GFP的质粒,用单个Crispr的1:4甚至更少,然后筛选。

【在 d****i 的大作中提到】
: 没做过,弱问transient transfection之后怎么分离KO的clone?
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z*t
11
楼主如果细胞能够进行单细胞筛选,那我强烈推荐用sgRNA+Cas9 protein做RNP
complex
这个complex打电转效率很高,很推荐用paired guide可以做deletion,容易探测,不
存在质粒系统中像楼主提到的问题,我们用CD34+细胞可以达到90%的target effiency

【在 c****1 的大作中提到】
: 以前用CRISPR,都是用在原代细胞上,因为转染效率极低,所以,只有用lentivirus来
: 做。
: 先要建立几个KO的stable cell line。首先,不经过仔细思考的办法,就是用
: LentiCrispr的慢病毒来做,然后加puro筛选。但是,这个方法不好的地方是,Cas9一
: 直表达,时间长了,off target肯定会比较多。
: 后来觉得,用Tet On的promoter来控制Cas9的表达,这样只在短时间内表达,应该会好
: 很多。
: 后来再一想,这个gene edit,本来就是permanent的。没必要用lentivirus来,这
: lentivirus还会整合到genome里,顺便破坏哪个基因还不晓得。为什么不直接用
: transfection呢?唯一可能的问题就是效率可能低了点。还有可能问题的,瞬时

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c*1
12
具体怎么做?人工合成sgRNA,重组的Cas9?
有参考文献或者protocol么?多谢!!

effiency

【在 z*t 的大作中提到】
: 楼主如果细胞能够进行单细胞筛选,那我强烈推荐用sgRNA+Cas9 protein做RNP
: complex
: 这个complex打电转效率很高,很推荐用paired guide可以做deletion,容易探测,不
: 存在质粒系统中像楼主提到的问题,我们用CD34+细胞可以达到90%的target effiency

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z*t
13
我就一起说了哈,还有一个哥们问我
我们用in vitro transcribed的sgRNA+ Cas9 protein室温incubate 15min
然后加到neon transfection打电转。
Cas9 protein有家公司叫PNA bio有卖, thermo也有类似的product
https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/genome-editing/geneart-
crispr/crispr-protein.html
下面是跟我们类似的protocol
https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/life-sciences/
synthetic-biology/pdfs/Rapid%20and%20highly%20efficient%20mammalian%20cell%
20engineering%20via%20Cas9%20protein%20transfection%20PUBLICATION.pdf

【在 c****1 的大作中提到】
: 具体怎么做?人工合成sgRNA,重组的Cas9?
: 有参考文献或者protocol么?多谢!!
:
: effiency

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l*o
14
这帖子要mark

【在 c****1 的大作中提到】
: 以前用CRISPR,都是用在原代细胞上,因为转染效率极低,所以,只有用lentivirus来
: 做。
: 先要建立几个KO的stable cell line。首先,不经过仔细思考的办法,就是用
: LentiCrispr的慢病毒来做,然后加puro筛选。但是,这个方法不好的地方是,Cas9一
: 直表达,时间长了,off target肯定会比较多。
: 后来觉得,用Tet On的promoter来控制Cas9的表达,这样只在短时间内表达,应该会好
: 很多。
: 后来再一想,这个gene edit,本来就是permanent的。没必要用lentivirus来,这
: lentivirus还会整合到genome里,顺便破坏哪个基因还不晓得。为什么不直接用
: transfection呢?唯一可能的问题就是效率可能低了点。还有可能问题的,瞬时

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z*t
15
是不是得打赏包子的说,嘿嘿

【在 l*****o 的大作中提到】
: 这帖子要mark
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b*s
16
赞!
搭车问一下,Crispr建立可诱导基因敲除细胞株的protocol在哪有?
谢谢!

geneart-

【在 z*t 的大作中提到】
: 我就一起说了哈,还有一个哥们问我
: 我们用in vitro transcribed的sgRNA+ Cas9 protein室温incubate 15min
: 然后加到neon transfection打电转。
: Cas9 protein有家公司叫PNA bio有卖, thermo也有类似的product
: https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/genome-editing/geneart-
: crispr/crispr-protein.html
: 下面是跟我们类似的protocol
: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/life-sciences/
: synthetic-biology/pdfs/Rapid%20and%20highly%20efficient%20mammalian%20cell%
: 20engineering%20via%20Cas9%20protein%20transfection%20PUBLICATION.pdf

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z*t
17
inducible目前不好做
可以稳转Cas9+ inducible sgRNA,这个是目前我觉得最靠谱的.
至于inducible Cas9之前有兄弟说了不一定work,我们的经验是还会有Cas9的leakness.

【在 b*****s 的大作中提到】
: 赞!
: 搭车问一下,Crispr建立可诱导基因敲除细胞株的protocol在哪有?
: 谢谢!
:
: geneart-

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c*1
18
非常感谢你的建议。我看了看这个,确实不错,准备试试。
请问你用paired guide时,用的是wt cas9,还是用的Cas9 nickase mutant?

effiency

【在 z*t 的大作中提到】
: 楼主如果细胞能够进行单细胞筛选,那我强烈推荐用sgRNA+Cas9 protein做RNP
: complex
: 这个complex打电转效率很高,很推荐用paired guide可以做deletion,容易探测,不
: 存在质粒系统中像楼主提到的问题,我们用CD34+细胞可以达到90%的target effiency

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c*1
19
两个包子已转。请查收。

【在 z*t 的大作中提到】
: 是不是得打赏包子的说,嘿嘿
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m*o
20
用PURO或者GFP筛选一下下,然后从剩下的里面的里面筛单克隆,效率还挺高的。不过
这都是建立在transfection效率还不错的基础上

【在 d****i 的大作中提到】
: 没做过,弱问transient transfection之后怎么分离KO的clone?
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z*t
21
我们用的是wt cas9

【在 c****1 的大作中提到】
: 非常感谢你的建议。我看了看这个,确实不错,准备试试。
: 请问你用paired guide时,用的是wt cas9,还是用的Cas9 nickase mutant?
:
: effiency

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