Nature：基于人工智能的开源软件，正在标准化显微镜生成数据的图像格式

2023-10-05 22:10

Bringing medical advances from the lab to the clinic.

关键词：病理报告；人工智能；Nature

现代的显微镜分析每天都会产生大量的数据，但不同的显微镜制造商都有自己的元数据格式，这给数据的互操作性带来了巨大的挑战。

由于存在众多的标准，显微镜数据共享和可验证成为难以完成的事情。

使用者观点：

生物学家Katrín Möller表示，每个研究都会产生约一兆字节的数据。而处理这些数据，特别是元数据，成了一个巨大的问题，因为每个显微镜的参数都不同。

显微镜供应商观点：

德国明斯特显微镜供应商 Evident（原奥林巴斯）的产品经理 Matthias Genenger 直接表示，由于商业竞争，文件格式多样性是不可避免的。

显然，对于供应商应该采用哪种生物图像文件格式（或一组）似乎无法达成共识，但这种情况需要解决。

2023年10月2日，Nature杂志发表文章，报告了开源的人工智能软件试图将显微镜图片数据标准化的努力【1】。

（英国邓迪大学的细胞生物学家 Jason Swedlow 正在致力于标准化生物显微镜生成数据的图像格式。图片来源：Jason Swedlow）

Jason Swedlow，一位在英国邓迪大学的细胞生物学家，花了二十年的时间努力为生物显微镜生成数据的标准化图像格式。但在这期间，该领域的标准文件格式增加到了约160种。

他和他的同事，包括德国BioImaging的Josh Moore，都致力于减少这些文件格式，并创建一个统一的文件格式。

他们推广的方式是OME-Zarr，这是两个项目的结合。

OME（Open Microscopy Environment）是Swedlow于2002年开始的，旨在为生物显微镜数据开发一个开源规范。

而Zarr是一种优化大型数据数组在云中的存储和下载的新方法。

OME-Zarr文件格式允许研究者在不下载整个文件的情况下，只访问他们需要的数据部分，类似于Google地图的工作方式。

尽管有这样的解决方案，但要说服生物学家接受并使用这种新的数据格式仍然是一个挑战。

编者按：

我经常为数据线接口的选择而烦恼，期待这些公司能够统一下。

但显然难以达到这个心愿。

为了保持领先的优势，很多巨无霸公司故意设置自己的标准，又岂能接受别人的标准？

病理科等的显微镜使用和报告也是如此。

但如果有一天，有人做成了一个转换接口，你只需要这个接口就可以连接其他所有的数据线接口，你是否会用呢？

OME-Zarr可能是实现显微镜数据统一的关键，但要真正实现这一目标，还需要显微镜使用者的努力和合作。随着交流的增加、人工智能对大数据需求的增加和促进，统一的报告格式将成为主流。

正如你在家用惯了一个数据线，更换的动力也不大；但你要外出，带着万用接口就成为极有价值的选择了。

参考文献：

【1】 https://www.nature.com/articles/d41586-023-03064-9

声明：

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本期编辑：Henry，微信号healsan。助理：ChatGPT

美国Healsan Consulting，主要从事医学大数据分析、临床科研服务，主要为医院科研处、生物制药公司和医生科学家提供分析和报告，成为诸多机构的“临床科研外挂”。

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来源: qq