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TNF研究:2023年已发1.6万篇SCI论文,大数据找到这些可持续的研究策略

TNF研究:2023年已发1.6万篇SCI论文,大数据找到这些可持续的研究策略

科学
让科研和SCI论文成为临床工作的副产品。

关键词:TNF;免疫疗法;大数据分析
导言
肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF超家族由一组细胞因子及其受体组成,是一种促炎细胞因子,是宿主对细菌、病毒和癌症反应的一部分,可导致癌细胞的凋亡和坏死。

针对TNF的药物研发已经取得了一定的成果,目前市场上已有几种以TNF为靶点的生物制剂和药物,包括1)Infliximab商品名Remicade;2)Adalimumab商品名Humira;3)Etanercept商品名Enbrel;4)Golimumab商品名Simponi;5)Certolizumab Pegol商品名Cimzia。其中Humira更成为一代药王。

这些药物都是生物制剂,通过靶向和中和TNFα来减轻炎症和免疫反应;主要用于治疗类风湿性关节炎、克罗恩病、溃疡性结肠炎等炎症性疾病。


临床科研中,既可以针对这些药物做药物遗传学、寻找更好疗效生物标记等研究,而且临床研发也早已突破了自身免疫性疾病,在癌症、感染性疾病、代谢病等疾病中备受重视。



击▲,关注TNF专辑;获得最高效阅读

1,美国国立卫生研究院基金资助
美国目前专门用于TNF研究的课题有42,619项(检索关键词:tumor necrosis factor)。2012年至今,项目数量在1,569-2,088之间,2023年有1,569项。
(美国国立卫生研究院基金资助的时间分布和项目数量

2,论文质量和增速
到2023年12月01日,TNF研究领域已经发表了276,960篇PubMed收录的论文。从2012年11,704篇论文,2023年到目前已经发表了16,685篇论文;论文发表数量增速堪比火箭。
TNF研究成果6.1%发表在12分+期刊,2.1%发表在24分以上期刊;并且最近几年的论文发表数量一直处于高水平,一直都是万众瞩目的热点。
(TNF研究发表的期刊分布及时间分布)

为了解目前在TNF领域的研究进展,我们对发表的论文做了全面解读
精选文献思路速览:


肿瘤转移相关机制研究中的进展,及相关综述:

1)在多种癌症、感染、自身免疫疾病的治疗、临床管理研究中的进展;

阿巴西普、塞尼克韦罗英夫利昔单抗治疗因 COVID-19 肺炎住院的成人:一项随机临床试验 [2]
新生儿败血症期间白细胞介素 27 依赖性转录组特征。[24]
■ 高分度卵巢癌患者诊断前血液标本中可量化的 TCR 库变化。  [11]
子宫内暴露于帕博利珠单抗后出现严重的免疫相关性肠炎 [1]
■ 成人溃疡性结肠炎:综述 [3]
■ 胆碱能神经元触发上皮Ca2+电流以治愈肠道病变 [10]
炎症性肠病中IL-12和IL-23通路抑制 [8]
■ STAT5 的四聚化调节小鼠的单核细胞分化和硫酸葡聚糖钠诱导的结肠炎。[23]
■ 剂量特异性肿瘤内GM-CSF调节乳腺肿瘤氧合和抗肿瘤免疫。[25]
■ 靶向耗竭 TRBV9+ T 细胞作为强直性脊柱炎患者的免疫疗法 [4]
■ 局部微环境驱动人脑肿瘤中嗜中性粒细胞的活化 [5]
■ IL-1β+ 巨噬细胞助长胰腺癌的致病性炎症 [6]
■ SYNCRIP 的缺失释放了 APOBEC 驱动的前列腺癌诱变、肿瘤异质性和 AR 靶向治疗耐药性。[13]

2)肿瘤耐药性、药物毒副作用、肿瘤转移相关机制研究中的进展,及相关综述;

■ 11 种肿瘤类型癌症转化期间的表观遗传调控 [7]
■ 来自尿干细胞的基质可促进组织特异性干细胞介导的功能性软骨重建。[20]
■ 选择性地将低亲和力 IL-2 递送至 PD-1+ T 细胞可恢复抗肿瘤免疫力,同时降低毒性。[18]
■ AXL 靶向通过扩增 TCF1 CD8 T 细胞恢复 STK11/LKB1 突变型 NSCLC 的 PD-1 阻断敏感性。[17]
■ 转录因子 TCF-1 调节不同组织中淋巴组织诱导剂亚群的功能,但不调节其发育。[22]
■ AutoCAT:从 TCR-seq 数据中自动发现癌症相关 TCR。  [19]
■ 共同暴露于超细炭黑和臭氧后微生物组改变的肺-肠轴。  [21]
■ 在单细胞分辨率下系统研究癌细胞和T细胞之间的线粒体转移。[12]
■ NLRP12-PANoptosome激活PAN凋亡和病理学以响应血红素和PAMP [9]
■ 在单细胞分辨率下剖析生殖系 BRCA1 突变女性的转录组失调和免疫特征。  [14]
■ 异位 JAK-STAT 激活能够过渡到茎状和多谱系状态,从而赋予 AR 靶向治疗耐药性。[15]
SARS-CoV-2与中和抗体结合预测的计算方法。[16]
检索数据库:Medline
检索工具:Healsan™医学大数据
检索时间:December 01, 2023
检索及分析机构:Healsan Consulting LLC(美国恒祥咨询)


一,TNF研究论文大数据分析
TNF研究论文发表的时间和国家分布

全球已经在TNF领域发表了276,960篇Medline收录的文献;检索最近三年的数据,得到52,196篇,对其中的24,255篇进行分析。
时间分布显示,可以看到针对TNF的研究论文数量,2021年仅有8,902篇,2023年至今为16,022篇。
国家分布可以看到,中国发表的研究论文数量为9,951篇,占41.0%,位居第一
美国发表的文章数占17.2%
,排在第二位;度、日本伊朗分列第三到五位。


(SCI论文的时间和国家分布)

学术机构排名
西医院、布莱根妇女医院、武汉大学人民医院、华科同济附属协和医院、浙大医学院第一附属医院等是发表论文最多的医院。
(全球发表论文的机构排名)

研究热点基因和相关疾病

如下图所示,显示NLRP3、TLR4、STAT3、SIRT1、MTOR 等是TNF研究中最受关注的基因;症性肠病、关节炎、类风湿性关节炎、银屑病、糖尿病等是TNF研究中最关注的疾病。

NLRP3、TLR4、STAT3、SIRT1、和MTOR 这些分子在与肿瘤坏死因子(TNF)的研究中有密切联系,主要体现在它们在炎症反应、免疫调节、细胞生存和代谢调控等方面的作用。

1)NLRP3:

NLRP3是一种炎症体,参与调控炎症和免疫反应。NLRP3的活化可以引发炎症细胞因子的释放,包括IL-1β和IL-18,并与TNF在炎症反应中的作用有交互作用。

2)TLR4:

TLR4是一种模式识别受体,参与识别细菌成分并激活免疫反应。TLR4的激活可以促进TNF等炎症因子的产生,参与炎症和免疫应答。

3)STAT3:

STAT3是一种转录因子,涉及多种细胞信号传导,包括细胞生长、分化和免疫调节。TNF可以激活STAT3,而STAT3也可以调控TNF及其他细胞因子的表达。

4)SIRT1:

SIRT1是一种去乙酰化酶,参与细胞代谢、衰老和炎症调节。SIRT1可以通过去乙酰化NF-κB等分子来抑制TNF等炎症因子的表达。

5)MTOR:

MTOR是一种关键的细胞生长和代谢调控蛋白,影响细胞的生存和增殖。MTOR信号通路与TNF信号通路有交互作用,可以共同调控细胞的炎症反应和免疫反应。


这些分子与TNF之间的相互作用是免疫学和炎症学研究的重要领域,对于理解和治疗许多炎症性疾病和自身免疫疾病具有重要意义。通过研究这些分子与TNF的相互作用,可以为开发新的治疗药物和治疗策略提供重要线索


TNF研究也涉及骨关节炎、SARS-CoV-2、败血症、肥胖、乳腺癌、红斑狼疮、抑郁症、牙周炎、结核、银屑病关节炎、糖尿病、中风、肝病、哮喘、脂肪肝等病理/生理过程与疾病。
(TNF研究相关的基因和疾病) 

哪些期刊喜欢TNF研究?

可以看到发表TNF相关研究最多的五个杂志是Int J Mol Sci (IF=5.6)、 Front Immunol (IF=7.3)、 Front Pharmacol (IF=5.6)、 Int Immunopharmacol (IF=5.6)等。
(发表论文的杂志分布)

我们也附上部分期刊的影响因子、分区、从投稿到接受的天数等,对于投稿有非常重要的参考价值。
最有影响力学者及其关系网。

(学术大咖及其关系网。)

国际TNF研究论文中
最有影响力的学者。
其中维也纳医科大学的Smolen, Josef S;德克萨斯大学西南医学中心的Fleischmann, Roy M;华盛顿大学医学院的Mease, Philip J;格拉斯哥大学(英国)的McInnes, Iain B等是TNF研究领域最为活跃的学者

二,TNF研究领域经典论文

除了发表论文的数量和研究者论文影响力之外(数量+质量),单篇论文被引用次数是评价其学术影响力的重要指标。
所以我们通过大数据分析找到高引用论文,即领域内的经典论文。

高影响力的5篇SCI论文依次为

• Baarslag et al. Severe Immune-Related Enteritis after In Utero Exposure to Pembrolizumab;2023. N Engl J Med PubMed ID: 37937778 [1]
• O'Halloran et al. Abatacept, Cenicriviroc, or Infliximab for Treatment of Adults Hospitalized With COVID-19 Pneumonia: A Randomized Clinical Trial;2023. JAMA PubMed ID: 37428480 [2]
• Gros et al. Ulcerative Colitis in Adults: A Review;2023. JAMA PubMed ID: 37698559 [3]
• Britanova et al. Targeted depletion of TRBV9+ T cells as immunotherapy in a patient with ankylosing spondylitis;2023. Nat Med PubMed ID: 37872223 [4]
• Maas et al. The local microenvironment drives activation of neutrophils in human brain tumors;2023. Cell PubMed ID: 37769657 [5]

近2年最高引用的5篇论文依次为
• Caronni et al. IL-1β+ macrophages fuel pathogenic inflammation in pancreatic cancer;2023. Nature PubMed ID: 37914939 [6]
• Terekhanova et al. Epigenetic regulation during cancer transitions across 11 tumour types;2023. Nature PubMed ID: 37914932 [7]
• Verstockt et al. IL-12 and IL-23 pathway inhibition in inflammatory bowel disease;2023. Nat Rev Gastroenterol Hepatol PubMed ID: 37069321 [8]
• Sundaram et al. NLRP12-PANoptosome activates PANoptosis and pathology in response to heme and PAMPs;2023. Cell PubMed ID: 37267949 [9]
• Petsakou et al. Cholinergic neurons trigger epithelial Ca2+ currents to heal the gut;2023. Nature PubMed ID: 37722602 [10]

三,如何开启自己的
TNF研究

看了前面内容,您已经深信不疑的是:TNF研究很值得做。尤其是研究生选题,可能这是一辈子课题的好起点。
 
问题是:如何开始呢?
最简单的方法:从模仿,到超越。
在研基金
比如UT Southwestern Medical Center的Li, Bo目前在研的课题,研究方向包括了免疫标记物与肿瘤的早期诊断

发表的论文
UT Southwestern Medical Center的Li, Bo
  1. Quantifiable TCR repertoire changes in pre-diagnostic blood specimens among high-grade ovarian cancer patients. bioRxiv [Preprint]. 2023 [11]
  2. Systematic investigation of mitochondrial transfer between cancer cells and T cells at single-cell resolution. Cancer Cell. 2023 [12]
  3. Loss of SYNCRIP unleashes APOBEC-driven mutagenesis, tumor heterogeneity, and AR-targeted therapy resistance in prostate cancer. Cancer Cell. 2023 [13]
  4. Dissection of transcriptome dysregulation and immune characterization in women with germline BRCA1 mutation at single-cell resolution. BMC Med. 2022 [14]
  5. Ectopic JAK-STAT activation enables the transition to a stem-like and multilineage state conferring AR-targeted therapy resistance. Nat Cancer. 2022 [15]
  6. Computational approach for binding prediction of SARS-CoV-2 with neutralizing antibodies. Comput Struct Biotechnol J. 2022 [16]
  7. AXL targeting restores PD-1 blockade sensitivity of STK11/LKB1 mutant NSCLC through expansion of TCF1 CD8 T cells. Cell Rep Med. 2022 [17]
  8. Selective delivery of low-affinity IL-2 to PD-1+ T cells rejuvenates antitumor immunity with reduced toxicity. J Clin Invest. 2022 [18]
  9. AutoCAT: automated cancer-associated TCRs discovery from TCR- seq data. Bioinformatics. 2022 [19]

B,转化医学:
在研基金
如West Virginia UniversityWang, Lei目前在研的课题,包括肿瘤、阿尔兹海默症的早期诊断,举例有:

发表的论文
West Virginia UniversityWang, Lei
  1. Matrix from urine stem cells boosts tissue-specific stem cell mediated functional cartilage reconstruction. Bioact Mater.2022 [20]
  2. Lung-gut axis of microbiome alterations following co-exposure to ultrafine carbon black and ozone. Part Fibre Toxicol. 2023  [21]
    Transcription factor TCF-1 regulates the functions, but not the development, of lymphoid tissue inducer subsets in different tissues. Cell Rep .2023 [22]
  3. Tetramerization of STAT5 regulates monocyte differentiation and the dextran sulfate sodium-induced colitis in mice. Front Immunol. 2023 [23]
  4. Interleukin-27-dependent transcriptome signatures during neonatal sepsis. Front Immunol. 2023 [24]
  5. Dose-Specific Intratumoral GM-CSF Modulates Breast Tumor Oxygenation and Antitumor Immunity. J Immunol. 2023 [25]

C,美国在研基金的方向

(美国目前在研的TNF方向)

美国的部分在研TNF课题

更多大数据分析报告,在本公众号主页面下回复“大数据”查看;如回复“肿瘤科”或“TNF”,获得对应研究领域推送资料。


编辑:Henry,微信号:Healsan;加好友请注明理由。

助理:ChatGPT;封面:Hanson设计、GPT 4制图

美国Healsan Consulting(恒祥咨询),专长于Healsan医学大数据分析、及基于大数据的Hanson临床科研支持。主要为医院科研处、生物制药公司和医生科学家提供分析和报告,成为诸多机构的“临床科研外挂”。


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