我花了几百万总结出了这条心得:SNP千万不要自己测!
🤔2024孟德尔随机化还好发吗?
尤其是对于相对简单的研究,如双样本孟德尔随机化,目前虽仍然可以发表,但获得高分的可能性不大,一般情况下可能在2~3分左右,如果运气好,分数或许能达到4分。
那孟德尔随机化发不了高分了?
当然不是!
在对去年发表的众多MR研究文章进行分析后,我们发现大部分文章的发表分数介于2分至8分之间,有些文章的IF值能达到20分甚至更高。
据统计,5月15日至5月21日期间,在PubMed上共检索到MR发表文章53篇,其中中科院一区共8篇,二区共15篇。
总体来看,文章的中位数分数大约为5分。
也就是说,如果你想做孟德尔随机化研究,文章IF值大概能发到5分。
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那孟德尔随机化怎么才能发高分?
首先,必须选择一个恰当的临床问题。其次,必须确保充足的工作量和恰当的统计方法的应用。
MR+的意思是在做孟德尔随机化的研究时,除了做单纯的孟德尔分析,还可以加上其他的一些内容,使得研究更加丰富。
例如研究者可以结合自己手头的原始数据,来丰富孟德尔随机化研究。这种结合可以进一步证实研究发现,从而丰富研究内容。
如果没有自己的原始数据,可以利用公开数据资源,如NHANES或SEER数据库。将这些公开数据与孟德尔随机化相结合,可以对研究结果提供更强有力的证据。
此外,研究者还可以考虑进行meta分析,但将其与孟德尔随机化分析相结合,可能也会产生令人信服的结果。
另一种策略是结合生信分析,这是目前非常常用的一种方法。通过将孟德尔随机化与生信分析相结合,可以为研究带来新的视角,增强研究的深度和可信度。
以药靶孟德尔为例。
现在做药靶孟德尔经常联合其他组学做多组学分析,比如说联合单细胞的数据、联合转录组的数据、联合甲基化的数据,联合蛋白质组学的数据。
通过这样的方式,丰富数据维度。这种多维度的整合,其研究性质可能涵盖临床研究、生物信息学研究,或同时具备两者的特点。
这就是现在满配的状态。大概有四到五个组学,再联合孟德尔分析,这样的工作量是极其庞大的。
再加上如果能够找到一个很好的一个切入点,并且得到阳性结果的话,是完全有机会可以冲到十分及十分以上的。
讲到这里,小刀记得曾有同学提问:写孟德尔文章的人很多传来是秒拒的消息,是不是已经没有题目可选了?选题大于统计是不是一个事实?
对此,老谈老师曾在某直播课中给出了答案:
大家都强调孟德尔随机化选题的重要性超过统计分析。
然而,我认为选题和统计分析是相辅相成的,它们分别代表了研究的目的和手段,都应该受到重视和充分的考虑。
如果一个研究者只专注于统计分析,投入大量的工作量,但忽视了选题的重要性,即使统计做得再好,也可能因为选题缺乏临床意义而被迅速拒稿。
同样,如果选题很好,但方法使用不当或工作量不足,研究结果同样可能会被拒绝发表,或者发表的文章质量不佳。
综上所述,选题的重要性不容忽视,统计分析同样关键。研究者必须两者兼顾,确保研究的目的和手段都得到充分的发挥。这样才能提高研究的整体质量,并增加文章发表的可能性。
答案是否定的。这里的GWAS数据通常来源于大规模的样本,其数量可能达到数万甚至数十万,而相比之下,一个机构内部的样本量可能仅限于几十、几百,极限情况下可能达到几千。因此,尽管单个样本的SNP检测成本并不高昂,但当样本量激增至数万或数十万时,费用将变得难以承担。
孟德尔随机化高分攻略
许多小伙伴抱怨,自己也想靠孟德尔随机化发高分文章,但学了3个月,别说发的分数低不低了,就连投出的文章都被秒拒,越学越灰心……
其实大多数同学都是跟风行动,对孟德尔随机化研究一知半解,只想靠着网上找到的模板做些MR分析就发文,这的确是不可能的!
对此,常年徜徉在生信海洋中的解螺旋早已经搜集整理好了一套孟德尔随机化高分攻略,不仅有常用的数据库推荐,还有一系列MR高分套路。
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课程干货展示
GWAS Catalog数据库、FinnGen数据库、UK Biobank数据库:这些数据库提供了丰富的GWAS数据,对于孟德尔随机化分析至关重要。GWAS数据主要包括多个队列GWAS的meta分析和单个队列的GWAS结果。
CKDGen和GIANT联盟:这些组织不仅提供数据资源,还致力于特定领域(如肾功能和疾病的遗传基础、人体测量特征)的研究。例如,GIANT联盟的研究涵盖了身高、体重指数、腰臀比等多个方面的遗传基因研究。
还有一些公开的疾病队列数据,做了基因测序,也可以为孟德尔随机化研究提供数据。著名的队列有两个:FinnGen芬兰队列,和英国的UK Biobank队列。
药靶孟德尔随机化
因其可以大大提高药物研发的效率,具有临床转化价值,而受到广泛关注,也比较容易发高分文章。
然而,能够作为药物靶标的蛋白质实际上并不多。
最初,药物靶标研究可能仅限于单一的靶标,但随着时间的推移,可以结合蛋白组学、基因组学、甲基化和单细胞分析等多种方法进行各种可能性的排列组合。这个我们在文章一开始也讲过了~
中介孟德尔随机化分析
在中介MR中,通常采用两步骤的方法,如下图所示。首先探讨暴露因素与中介变量之间是否存在因果关系;其次,再探讨中介变量与结局事件之间的因果关系。
目前,这种中介孟德尔随机化分析方法相对受到关注,但其分析难度也较大,自然IF分值也不会很低。
还有一些其他比较高阶的发文套路,比如:双向MR、多变量MR、非线性MR等等。
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