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transcription factor binding site missing
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transcription factor binding site missing# Biology - 生物学
c*y
1
最近比较6个样本的老鼠RNAseq数据,有些基因 (200 左右),和17个transcription
factor 表达高度相关 (pearson correlation >0.98)。 但是,各类transcription
factor binding 数据库都无法表明any of those transcription factors has
binding site a the promoter of those 200 genes. 该如何解释这种情况呢?
多谢了!!
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s*k
2
只是凑巧而已吧
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c*y
3
我倒是在想,这些binding element database, 到底有多完整呢?

【在 s*****k 的大作中提到】
: 只是凑巧而已吧
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f*n
4
TF binding属于epigenetics的一部分。既然是epigenetics,和timing,context很有
关系。你换个cell line,或者不同组织,在不同发育阶段,环境下,都会变化。
而这些所谓的database,包括ENCODE,就算都是真的,最多也就代表人家那个timing&
context的情况,换做你自己做的完全不同。所以哪怕是ENCODE project,我相信它的
accuracy,但是作为database对我们研究的帮助,其实不大。
总之,我个人完全不太相信这些online database;还是要相信自己的data。当然了,
正好碰到overlap的可以提出来,编编故事。仅此而已。

【在 c***y 的大作中提到】
: 我倒是在想,这些binding element database, 到底有多完整呢?
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