北京时间7月26号,加利福尼亚大学圣迭戈分校(UCSD)和亚利桑那大学(UA)研究人员在Science背靠背发表2篇论文,探索新冠病毒起源。通过遗传学进化树分析和谱系追踪等方法,在全球广泛流行的新冠病毒的溯源问题上取得了一些不错的进展。Science主编 也在主流媒体上重点介绍了这2篇论文,下面让我们看看具体内容:
跨种传播的最初时间点
加利福尼亚大学圣迭戈分校(UCSD)Jonathane. Pekar等人首先分析了2019冠状病毒病(COVID-19)大流行早期病毒基因的多样性, 2020年2月之前的SARS-CoV-2基因组多样性可能只包括两个不同的病毒谱系,分别表示为A和B。通过生物分类动力学溯源方法和流行病学模拟演算进行分析,发现这两类病毒是两个不同的跨物种传播到人类事件的结果。第一次可能是B型病毒在2019年11月18日左右(10月23日至12月8日)引起的,而A型病毒可能是在该事件发生后几周内被单独引入。这些发现表明,SARS-CoV-2不太可能在2019年11月之前在人类中广泛传播,并确定了病毒从动物首次传给人与第一次发现病例的极短的窗口期,体现了病毒具有的空前的传播能力。疫情爆发的原因
其他冠状病毒在人类中的流行和暴发,包括SARS-CoV-1、MERS-CoV,以及最近在海地的猪德尔塔冠状病毒,都是反复从动物宿主引入的结果。一旦动物病毒获得人类感染和传播的能力,防止病毒外溢的唯一屏障是人类与病原体的接触。此后,一次人畜共患传播事件表明已满足溢出的必要条件,这预示会有更多的跳跃。研究表明,SARS-CoV-2在2019年11月之前在人类中广泛传播的可能性非常小,而且存在有限的隐性传播,但可能要少得多。到12月底,当SARS-CoV-2被确定为COVID-19的病原体时,该病毒可能由于与病毒宿主的持续接触而多次传入人类。疫情爆发的中心
亚利桑那大学(UA)的Michael Worobey等人则通过空间分析和进化树方法证明中国华南市场可能是这次大流行的中心。在早期的报告中,中国武汉华南海鲜批发市场被确定为可能的病例来源,但后来这一结论变得有争议。现在研究显示,2019年12月最早的已知COVID-19病例,包括那些没有报告的直接联系的病例,在地理上以这个市场为中心。同时2019年底华南市场上出售了对SARS-CoV-2敏感的活哺乳动物,在市场上SARS-CoV-2阳性的环境样本与出售活哺乳动物的商贩存在空间关联。SARS-CoV-2的出现可能就是通过中国的活体野生动物交易发生的,并表明华南市场是COVID-19大流行的中心。研究中的一个关键发现是,“无关联”的早期COVID-19患者,即那些既没有在该市场工作,也不认识在该市场工作的人,也没有最近去过该市场的人,比与该市场有直接联系的患者住得离市场近得多,这是以往的研究所没有注意到的。疫情初期的流行特点
空间分析揭示了COVID-19病例的模式在2019年底(疫情开始时(43例))和2020年初之间的变化,因为疫情在武汉广泛传播。与1月和2月疫情后期的大范围空间分布不同,12月的新冠肺炎病例与华南市场存在关联,但与武汉人口密度或人口格局无关。即2019年底SARS-CoV-2在武汉没有广泛传播。一些相关的证据也从另一个角度证明了这一结论。比如截至2019年12月收集的4万多份献血者样本中,没有记录到SARS-CoV-2阳性血清或流感样疾病(ILI)报告,2019年10月至12月在武汉医院采集的数千份ILI患者样本中,没有一例SARS-CoV-2 RNA检测呈阳性。提醒与警示
SARS-CoV-2与其他冠状病毒一样,在人群中的流行可能是由多次人畜共患事件造成的。两项研究分别从大流行爆发的时间、原因和大流行爆发的中心阐述了这场影响全球数年的新发突发传染病可能是怎样形成的过程。研究表明这场疫情的爆发的最主要因素之一就是病毒易感活体动物的交易,活体动物交易和活体动物市场是病毒溢出事件的常见主题,而华南市场等出售活体哺乳动物的市场属于风险最高的类别。2002-2004年的SARS-CoV-1疫情与COVID-19大流行类似,前者的流行可追溯到中国广东、江西、河南、湖南和湖北等省的受感染动物。微信学科群:神经科学群、医学、基础科学等纯科研交流群、硕博交流群和医药投资交流群(微信群审核要求较高,请各位添加小编后主动备注单位研究方向):
注:添加小编请备注昵称+单位+研究