1901年1月29日，逃亡西安的慈禧太后，以光绪皇帝的名义，发布了一道新政上谕。“世有万古不变之常经，无一成不变之成法……盖不易者三纲五常，昭然如日月之照世。而可变者令甲令乙，不仿如琴瑟之改弦……”
意思是：除了三纲五常这一根本制度不能动，其他具体政策都可以改。这是自洋务自强运动以来，清廷第一次明确“赐予”臣民以大尺度的新政空间。这份上谕，也因此被视作“清末新政”的起点。如何处置清廷，是八国联军攻占北京城之后，最费思量的一个问题。曾任京师大学堂总教习的丁韪良（William Alexander Parsons Martin）建议列强“以华制华”，与持“东南互保”立场的南方督抚合作，废黜慈禧太后，扶植光绪帝上台，并解散清廷军队，由西人入主军机处。庚子年九月二十八日，丁氏在上海演讲说：“为今之计，当先请皇帝复辟，另举西使中之贤者一人，入军机处，赞襄新政，则中国可安，而后患可免矣。次当限制中国乏军备，散其营伍，毁其制造各厂。南中督抚以保商保土为念，订约保护，自是正办。余深望西国政府联络南省，整顿北省，须俟太后归政，罪魁重惩，方与退兵议和，万不可先退兵也。”义和团事件之后，西方世界认为，清廷内部存在着两个价值观截然相反的势力集团。慈禧被视为“排外运动”的罪魁祸首、义和团的同党及满族保守势力的总代表。光绪则被视为变法者、新文明新秩序的拥抱者。如丁韪良所言：“我们必须区分汉人和满族统治者。前者被人引入歧途，而后者背信弃义，不可饶恕。在满人中间，又得区分进步的光绪帝和排外的慈禧太后。由于是外族君临中国的王朝，满族对外国的各种影响一概生妒忌之心，他们都是排外的，唯一的例外是光绪帝，他接受的是汉人改革家的影响。在当今王朝的王室成员中,只有光绪表现出能广泛地认识和超越民族偏见，热切希望他的政府适应西方文明。他因热烈支持进步而被剥夺权力，因此他特别值得我们的同情。”“从没有象在年轻的皇帝统治的短暂时期那样，排外情绪一蹶不振。”
庚子年九月十五日，丁韪良在英文版《京津泰晤土报》上正式公开了自己关于“如何处理中国”的具体意见：(1)为根除慈禧太后制造的灾难，由各大国共同议定，放逐慈禧，恢复光绪的合法权力。(2)取消慈禧太后戊戌年政变后颁布的一切政令。(3)恢复光绪帝的新政方案，获得各国批准后执行。(4)各国划分范围，指派代表，监督其范围内各省督抚的行动。广学会总干事李提摩太，也于庚子年七月十四日，为列强拟订了一份“处置中国”的意见书，并印发给各国政府机构，以供参考。李提摩太认为，当下的中国，已无“被各国信任并能执行条约义务的中央政府”，慈禧政权“使全国陷入战争状态，两年来致力于驱逐外国人出境”，列强必须出面组织一个能够“使中国人和外国人获得持久和平与繁荣的联合内阁”。关于这个联合内阁的具体形态，李提摩太有很具体的规划：（1）这个内阁将由一半外国人和一半中国人共同组成。（2）每个能派遣一万名常备军驻扎在中国的大国，得派二人为阁员。（3）中国的总督和巡抚，得推派同等数目的人(譬如说十二人)为阁员。这些人必须是列强所绝对信任的。（4）这个内阁的主要任务是：①保护各国人民的生命财产。②保障中国的领土完整。③毫无歧视地保护所有国家的利益而不是一国或几国的利益。（5）新内阁将不受任何一国的直接管辖。（6）应组织一个最高国际法庭处理这个联合内阁产生的一切问题。（7）在过渡时期责成各省督抚负责各自辖区内的秩序，不可派遣军队援救北京。丁韪良与李提摩太的意见，与列强的意见有颇多相近之处。关于议和，列强提出了两个最重要的前提条件。一是“惩凶”，即惩办把持中央政权的“顽固势力”。二是“两宫回銮”，即要求慈禧太后回京，回到联军势力所及的范围之内。这两个前提条件，均与列强有意另组“新政府”的意图有直接关系。用中国驻日公使李盛铎的话来说，就是：“中国须将旧政府大臣更换，另选大臣，立一新政府，各国方能议和。”不过，列强所谓的“新政府”，具体而言乃是指军机处一类的执政机构，而非整个清廷。联军统帅瓦德西看得很清楚：“无论欧美日本各国，皆无此脑力与兵力，可以统治此天下生灵的四分之一。”一方面无意推翻清廷，另一方面又想强迫中国政府改组。如何处置慈禧太后，就成了问题的核心。义和团之乱后，西方媒体对慈禧的观感降到了冰点。英商在上海的喉舌《字林西报》发表社论说：“希望有可能把光绪皇帝寻出来，重新置于皇位之上。与此同时必须对中国人明白指出，挑起目前战争的是慈禧太后”。德国《德文新报》说：“如有可能；光绪帝应予恢复。……慈禧应令其退隐。”美国《纽约时报》也说：“列强如能使用因其军队驻华而获得的影响，坚持恢复光绪帝的权力而不采纳解决问题的其他更好的办法，这就是件大好事。”在华西方传教士，在惩治慈禧这个问题上的态度也很坚决。庚子年九月，代表20个传教团体的大约400名英美传教士集会上海，致电各国政府，要求“恢复光绪的合法权力”，“迅速和适当地惩处起自慈禧太后的所有煽动暴乱的官员”。不过，与舆论的一致声讨不同，针对如何处置慈禧太后，列强内部存在不同意见。德国一度坚持将“惩办真正的祸首”作为和谈的“先决条件”，明言所谓祸首“必须是些大家伙”。英国则认为“惩办皇太后是绝对不可能的”，理由是从现实利益的角度考虑，这“将冒着废弃中国整个国家组织的危险，这对于欧洲也是不利的”。列强希望重组政府。慈禧太后也日夜担忧自己的权力被列强剥夺。为了逃脱惩罚并成功回到京城，老太后使出了三种主要手段：一、发布新政上谕。二、调转立场打击义和团。三、“慷慨”赔款。湖广总督张之洞一度因为新政上谕感到欢欣鼓舞。庚子年，他坐镇江楚，与刘坤一、李鸿章等人联合发起“东南互保”，为清廷保存了一丝元气，自然，也很期望慈禧能放弃排外立场，重新拥抱变法。所以，他接到新政上谕后的第一反应，就是写信给在京的关系网，希望弄清楚谕旨的来路：“何人陈请？何人赞成？”各个信息渠道的反馈，均表明这一谕旨出自“圣意”，并得到了荣禄和鹿传霖的“赞成”。张氏遂认定：这一次，朝廷是真的要变法了。但很快，安徽巡抚王之春的来电，将张之洞惊出了一身冷汗。王氏在电报中说：“顷行在军机章京密报：……‘奏复变法，毋偏重西’云，想见两宫宗旨，奈何？然就复我古法立论，或不干怒。”意思是：据跟随在慈禧身边的“军机章京”的密报，要求我等上奏谈变法问题时，不要偏重西学。太后与皇上的意思，可以想见。如果我等采用“古法立论”，将变法措施说成“中国自古以来的传统”，或许不至于惹怒太后。张之洞只好喟然长叹：“变法不重西，所变何事？”——朝廷宣布变法，却又不让重点提西法，那这“变法”究竟是想要变什么呢？这“变法”还有什么必要呢？为探明慈禧的真实意图，张之洞特地致电鹿传霖，询问王之春来电“切嘱各省复奏万勿多言西法”，到底是怎么回事。在电报里，张氏满怀忧虑：“窃思采用西法，见诸上谕明文。鄙意此后一线生机，或思自强，或图相安，非多改旧章、多仿西法不可。若不言西法，仍是旧日整顿故套空文，有何益处？不惟贫弱，各国看我中国，乃别是一顽固自大之人，将不以平等与国待我，日日受制受辱不成为国矣。”
张氏希望鹿传霖能够帮助自己，自荣禄处探询到变法的底线，亦即哪些可以提，哪些是碰不得的雷区：“究竟此事慈意若何？略园(荣禄)能透澈否？各省能否切实复奏？哪几种事可望更张？”鹿传霖的回电，否定有不让提西学的旨意，极力鼓励张之洞放下思想包袱，拿出自己的变法提案。同时，却又极委婉地暗示张，最好不要提什么西学：“ 不必拘定西学名目，授人攻击之柄。”张之洞当然明白鹿的回信是什么意思。他复电鹿传霖，沉痛感慨，中国如此“变法”，距离亡国之日已经不远：“嗣闻人言，内意不愿多言西法，尊电亦言勿袭西法皮毛，免贻口实等语。不觉废然长叹：若果如此，变法二字尚未对题，仍是无用，中国终归澌灭矣！盖变法二字，为环球各国所愿助、天下志士所愿闻者，皆指变中国旧法从西法也，非泛泛改章整顿之谓也。”
按照张之洞对时局的理解，此时的清廷，要想重振，必须大变西法：“欲救中国残局，惟有变西法一策。精华谈何容易，正当先从皮毛学起，一切迂谈陈话全行扫除。”但王之春和鹿传霖带来的消息，让他不得不变得谨小慎微。一方面，张氏致电王之春，让他不要急着上奏回复、响应朝廷的变法上谕；另一方面，他开始联络东南各省，就变法问题“互通声气”，希望拿出一个变法方案联名上奏，给慈禧施加压力。于是，才有了1901年十余省督抚参与讨论、由张之洞、刘坤一主笔的《江楚会奏变法三折》。一是朝廷发布变法谕旨之后，要求各省督抚回奏，并限期两个月，然而在这两个月里，竟没有一位督抚向朝廷回奏过自己的变法意见。二是复奏期限已过之后，朝廷又屡次催促张之洞回奏，张却并不急于下笔，而是继续选择观察朝野的政治风向。三是两广总督陶模一方面认为朝廷“未必真欲变革”，一方面又回奏朝廷希望开设议院，结果其建议被朝廷冷藏，并未下发给督抚们讨论。四是此一时期的张之洞思想激进，不仅是呼吁“大变西法”，而且主张“仿行”西方议院和“公举”各级官员，但这些主张并没有写入奏稿，原因是：在与各省督抚商议联衔会奏的过程中，张之洞提出了设立议院的主张，但被刘坤一否决了，刘氏认为朝廷的“变法”尺度，不可能容忍设立议院。朝廷规定的回奏期已过去近半年之后，《江楚会奏变法三折》才送抵慈禧太后之手。这种延迟，背后潜藏着地方督抚对朝廷“新政”诚意的严重怀疑。众人皆明了，慈禧太后发布的新政上谕，是做给洋人看的；太后的内心深处，是严重排斥西法的。袁世凯曾有一封催促张之洞、刘坤一早日回奏的电报，其中对举行“新政”与慈禧“回銮”的利害关系，说得相当透彻：“回銮以前，如不先行新政，有大可虑者二：各国以现之政府守旧顽固，倘回銮后，各国要挟以更换执政，拒之不足，国体安在？可虑一。各国皆盼我变法，倘回銮后各国缕列多款，要挟照行，执政不敌，允则干预，可虑二。”
意思是：第一，列强认为现政府顽固守旧，如果太后立刻回京，结果被列强逼着交出权力，那就体面无存了。所以要在回京之前，先“主动”发布变法上谕。第二，列强都在盼着我们变法，太后也颁布了变法上谕，但督抚们若上奏主张效仿西法，列强再搜集整理这些主张来压迫太后，要求执行，朝政被干预，体面也同样无存。
同为获取洋人谅解，与变法上谕只是做表面文章不同，慈禧对义和团的打击，在1901年深入到了北中国的每一个角落。山西太原乡绅刘大鹏，曾于义和团运动前后在太谷县南席村私塾任教，撰有《退想斋日记》。这部日记，真实记录下了辛丑年清廷对拳民们的迫害。（1）山西春荒，地方政府只赈济教民，不赈济不入教的平民。据刘大鹏了解，这样做的目的，是为了获得洋人对山西义和团运动的谅解：“当此之时，教民横行，武断乡曲，欺虐良民，州县各官不敢一撄其锋，惟是一意抚循以求无事，而教民由是益肆无忌惮矣，而百姓由是恨教民愈深矣。各州县之教民，官皆赈济，大口银三两，小口半之，而不入教之穷民，饥饿而死者枕藉於野，未闻官开仓赈济，以救民于水火之中；人事如此，安望天之溥降甘霖乎。” (1901年4月16日)（2）地方官将办理教案当作第一要务，以教民之意为圣旨，不敢再问是非，随意锁拿“拳民”。刘大鹏在日记中写道：“今日有徐沟及太谷差役来南席村，锁拿去年练习义和拳者。其指名之人且系在京为商者，现不在家，并非拳民。此系清源教民捏造者也。嗟夫！教民现恃洋夷之强，控告邻里及诸拳民，缧泄满狱，官不能保民，惟听教民之言以肆毒。成何世界乎?殊令人心意俱酸。”（1901年5月21日）再如：“太原一郡之州县官无他政之办，唯是办理教案，听教民之指挥而已。当此之时，差役四出，恫吓乡民，乡民恐惧；贿役求免，而役遂生无厌之求，闾巷何以能安乎?新抚到晋之初，即发帑金十万赈济教民(每人月五两)。其未奉教之民，饥饿垂毙，置之不问，此固离散民之一端也。”（1901年5月22日)刘大鹏在日记中总结，政府如此做法，一方面会招致民众铤而走险暴动，“去年练习义和拳者，城镇村庄处处皆有，今日听洋夷教民之言，差役锁拿以治其罪，是迫之使变也”。另一方面，等于是驱赶民众加入洋教，可谓玩忽职守丧失天良：“中国编氓信从洋教，屡入而不能已，罪虽在民，而推其究竟，殆州县官力洋人殴焉尔。……今之州牧县令，百姓啼饥而不问，百姓号寒而不知，百姓愁赋重而赋上加赋；百姓苦政烦而政外有政；百姓生齿繁，而坐视其贫困；百姓昧礼义而一听其昏迷。好百姓之所恶，恶百姓之所好。上不体朝廷视民如伤之意，下不念黎庶颠连困苦之情。洋人诱之，州县官殴之。……州牧县令唯是袒庇教民，唬吓百姓，以求事之了结而已。教民虽曲，而刑罚不加，百姓虽直，而箠楚不免。州牧县令如此待民，而蚩蚩者氓有不忿然兴起接踵入教者乎?故曰：为渊驱鱼者，獭也，……为洋教驱民者，州牧县令也。驱民入教而不自省，反谓朝廷放纵洋夷、煽惑中国百姓，莫能禁止百姓入教，是诚丧失天良有愧官箴者也。”普通平民不堪地方政府的黑暗，为求保护而入教，在晚清相当普遍。譬如，1889年山东单县李集人被卷入讼事，他们“听此消息后非常害怕，就从刘庄请来一个范神父，大家都请求在教，求教会保护”。但最具讽刺意味的，莫过于许多义和团拳民，他们作为庚子年的反洋教先锋，最后也不得不加入洋教，以求保全身家性命。比如，据《拳时北京教友致命》记载，京郊下营村的刘广来，“曾当团头，为逃避官府追究而奉教”——所谓“官府追究”，指的正是1901年慈禧为取媚洋人，而调转刀锋迫害拳民。再如，在义和拳的发源地山东冠县，拳民变教民的现象更为普遍。著名的教案发生地红桃园，“大部分就入了耶稣教”，缘由则是为了“不受辱，不受气”——所谓“辱”与“气”，也是指来自地方官府的迫害。有资料统计，从1901年到1910年，仅十年功夫，中国的天主教徒从原来的70万人激增至130万人；从1901年到1904年，只不过花了3年工夫，中国的基督教教徒数从8万人增加到13万人。可以想见，这种激增，与逃避朝廷的迫害，有直接关系。1905年，周作人北游京城，整整五年过去了，“拳匪”二字带来的恐惧，仍笼罩着这座城市。周氏写道：“这是我第一次到北京，在庚子事变后的第五年，当时人民创痛犹新，大家有点谈虎色变的样子，我们却是好奇，偏喜欢打听拳匪的事情。我们问客栈的伙计，他们便急忙的分辩说：‘我们不是拳匪，不知道拳匪的事。’其实是并没有问他当不当过拳匪，只是问他那时候的情形是怎么样罢了。可是他们恰如惊弓之鸟，害怕提起这件事来……民国初年钱玄同在北京做教员，雇有一个包车夫，他自己承认做过拳匪，但是其时已经是热心的天主教徒了，在他的房里供有耶稣和圣母马利亚的像，每早祷告礼拜很是虔诚。问他什么缘因改信宗教的呢？他回答得很是直截了当道：‘因为他们的菩萨灵，我们的菩萨不灵嘛。’这句话至少去今已有四十多年了。”从义和团拳民的口中说出“我们的菩萨不灵”这样的话，是个引人深思的问题。
《辛丑条约》赔款以当年中国人口数(4.5亿)为准每人摊派一两, 定为海关银4.5亿两（这种做法相当于一种政治惩罚），以39年期、年息四厘的方式清偿，本息共计9.82亿余两海关银（又称关平银，一两约合37.7993克）。再加上地方赔偿教会、教士、教民损失的2000万两，整个庚子赔款共计海关银10亿余两。赔款数额如此巨大，固然源于列强的狮子大张口，却也与慈禧太后“量中华之物力，结与国之欢心”的基本立场有关。慈禧之所以持这种立场，是因为整个和议过程中，她最关心的问题是自己如何免于被列强追究并保住权力。比如，李鸿章曾奉命在议和中为载漪等人辩护，瓦德西回应说：“吾等所列罪魁，皆其从者。为全中国体面，其首罪名，犹未提也。”——所谓没点名的首罪之人，指的正是慈禧。李鸿章将瓦德西的这些话传至西安，慈禧随即同意在“惩凶”一事上完全应允列强的要求。再如，严苛至极的十二条议和大纲送至西安后，慈禧的回应也是：“敬念宗庙社稷关系至重，不得不委曲求全，所有十二条大纲，应即照允。”仅要求奕劻、李鸿章在细节问题上与列强继续“婉商磋磨”，不敢在大方向有丝毫异议。在这样一种战战兢兢的心态下，慈禧太后下达了“量中华之物力，结与国之欢心”的谕旨，庚子赔款的相关谈判实际上变成了“有多少就拿出多少来”——只不过，慈禧太后负责慷慨，所有清帝国百姓负责出钱埋单。1901年，各国公使与清廷代表谈判时，曾详细讨论过“如何让清帝国百姓埋单”这个问题。时为该年旧历三月初一，中方代表是徐寿朋，那桐，周馥，列强代表是法国公使毕勋、德国公使穆默、英国公使萨道义、日本公使小村寿太郎。会上，毕勋开门见山，问那桐等三人中国有什么办法缴足赔款，徐寿朋回复：可以提高“海关进口货税”。毕勋认为，这部分已经在他们的考虑范围之内，但还远远不够，要求清廷从“盐课”中再拿出钱来，徐寿朋回复：“只可挪出四百万作抵”。毕勋和萨道义又问漕粮和崇文门税卡能否拿出钱来，徐寿朋回复：崇文门每年只能收到70万两税银，对完成赔款无济于事，希望列强不要动这个地方，“为中国略存体面”。毕勋又问能付征人丁税，按他的计算，每人每年征收5分银子，一年可得两千万两。徐寿朋回复：清廷从前是征人丁税的，后来把这部分税并入了田赋，如今再征人丁税，那等于是重复征收。毕勋说，那不如就增加田赋。徐寿朋回复：这样贫民的日子会更惨，社会可能会不安定。萨道义提议说，你们不如搞个“房捐”，征房租税。徐寿朋回复：这事我们以前在部分省份干过，没成功，我们一收房产税，那些店家就关门歇业，那些民众就哭天喊地，地方官员束手无策。萨道义又提议说，你们的自产鸦片比进口鸦片多出三倍，如果每担鸦片征银六十两，不就可以得到一千余万两吗？徐寿朋回复：自产鸦片的生产地散布内地各处，没有可以控制它们流通、用以征税的核心关卡，税征高了，只会促使他们偷税漏税，损失更大。萨道义说，那你们可以征印花税。徐寿朋回复：这个办法我们已经考虑到了，但只能在通商口岸先试着搞一搞。毕勋又提议，你们不如向愿意缓期要求赔款的国家求助，请他们借钱给你们。徐寿朋回复：我们不愿借债，还是希望能够将赔款摊到若干年，慢慢来还。……（以上对话，参见《总署与各使会议赔款事宜述略》，《清季外交史料 6》第2788~2791页）综而言之，列强给清廷出的主意无非两种：（1）间接摊派（2）直接榨取。清廷的实际筹款方式也正是从这两处着手。间接摊派主要是关税，清廷与列强磋商后将关税标准定在了5%。剩下的办法，就是直接盘剥民众。清廷将这一盘剥任务拟出具体数额，作为政治考核任务逐一分摊到各省，总计每年的盘剥任务是1880万两库平银（一两等于37.301克）。这种盘剥的严重程度，可以参见浙江巡抚任道镕1902年4月3日给清廷的汇报。任在汇报中写道，为了筹措赔款，浙江目前已经采取了如下手段（序号系笔者所加）：（1）粮捐。无论新旧，一律按固定比例增加，以前征1两银子的，一律再加收300文。（2）盐斤加价，每斤盐加价4文钱。（3）盐引加课，每张盐引加价四钱银子。（4）房捐，按月租金的十分之一收房租税，房主与租客对半承担。（5）膏捐，卖出一两钱的鸦片，收税二十文。（6）酒捐。酿够五十缸酒得缴纳“照费洋”十元；在本地卖，每一百斤酒收税两角洋银，运去外地卖，收税加倍，变成四角。以上这些，只是浙江在赔款初期紧急推行的小部分盘剥政策。任道镕在奏折里向朝廷承诺，浙江还将出台其他搜刮措施，比如“钱铺、典当、牙帖、契税，现并饬司分别筹办”。在清廷存在的最后九年里，浙江民众共直接负担了1227.6万余两白银的辛丑赔款（未计入关税等间接负担）。（《庚子赔款浙江知多少》，《浙江档案》2003年第4期）对各省官员而言，完成庚子赔款既是政治任务，也是致富机会，可以名正言顺制造新名目敛财。1901年5月，内阁中书许枋在奏折中说，京郊的延庆被摊派了庚款13万，当地政府实际摊给民众的数额“已派至20余万”。清廷无意查办这类敛财行为。对慈禧太后而言，竭力凑足给列强的赔款，以延续爱新觉罗的皇权和自己的地位，才是首要之务。在1902年12月给各省督抚法谕旨里，慈禧以光绪的名义严厉写道：“此次赔款载在条约，必须如期筹偿，万不可稍涉迁延，致失大信。着各直省将军督抚……按期应付不准丝毫短欠，……（否则）定惟该将军督抚等是问！”谕旨的意思非常清晰。一切都得为完成偿付赔款这一政治任务让路。各级官员的贪腐与民众的痛苦，在这一政治任务面前无足轻重。于是乎，食盐加价之类的常规敛财手段在中央与地方被一用再用。户部加收了一次（各省每斤一律加价四文），不妨碍省府再加收一次（如湖南、江西、河南）；省府加收过了，也不妨碍县府再加受一次。非常规的苛捐杂税也是层出不穷。福建的丁漕每两加征200文“丁漕捐”；江西的漕粮每石“按粮输捐”160文；四川每年按田亩征收“赔款新捐”100万两；南京对小推车收税，必须凭照上路；苏州对驴和马每匹收洋银2角，没有执照的驴子和马不许接生意上路；奉节在原来的屠宰税之外，每杀一头猪加收200文税，叫做“新加肉厘”，后来又再加收一次，叫做“续加肉厘”……光绪三十二（1906）年九月，文摘类媒体《华字汇报》摘录了一则陕西新闻，其中写道：陕西省将摊派下来的庚子赔款“全数加入地丁”，直接扣在陕西农民头上，“百姓久已敝困”。最近政府要修建西潼铁路，社会上出现传言，说这笔钱也要按田亩加派，于是，“渭北各州县人心惶惶，以有地为累，争先贱售，甚至连阡累陌有不索一钱甘心送人耕种者。”有残暴的庚款摊派在前，地方政府稍有动作，农民们就吓得连土地都不想要了，宁愿免费将土地送人。正是这种民不聊生，支撑起了慈禧太后的成功回銮，并保住了她“圣母皇太后”的地位。