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基于RNA测序分析中国人群MET 14号外显子跳跃突变的发生率及其与PD-L1表达相关性

基于RNA测序分析中国人群MET 14号外显子跳跃突变的发生率及其与PD-L1表达相关性

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间充质-上皮转化(MET)14号外显子跳跃突变(MET 14跳突)是一种独特的非小细胞肺癌(NSCLC)驱动基因变异。临床上,MET 14号外显子跳跃突变最常见的检测方法是DNA测序。然而,由于一些不包含MET 14号外显子剪接点的体细胞变异也可能导致MET 14跳突。因此,RNA测序才是检测MET 14跳突最准确的方法。有研究者基于RNA测序分析了中国人群MET 14跳突的发生率及其PD-L1表达情况的相关性,本文对此进行解读和分享。

背景


NSCLC约占所有肺癌的85%,其中腺癌(ADC)和鳞状细胞癌(SCC)是NSCLC最常见的组织亚型,分别占50%和30%[1]。近期,MET基因的激活突变逐渐被公认为NSCLC的潜在治疗靶点。MET是一种受体酪氨酸激酶,当与肝细胞生长因子(HGF)配体结合时被激活,形成同源二聚体,随后激活激酶结构域。这个过程可触发下游信号通路级联反应,促进肿瘤细胞增殖、细胞周期进展、迁移和侵袭。MET的异常激活还可触发下游PI3K/AKT/mTOR和RAS/ERK/MAPK通路的结构性激活,参与肿瘤的发生和发展[2]

MET 14跳突已被证实是NSCLC治疗靶点,在TCGA数据库肺ADC中发生率为4.3%[3]。MET 14跳突可导致E3泛素蛋白连接酶(CBL)有效结合所必需的膜旁区域缺失,导致MET的稳定性和致癌潜力增加,并增加了对MET酪氨酸激酶抑制剂(TKI)的敏感性[4]。MET 14跳突在台湾NSCLC患者发生率约为4.0%,香港为2.6%,中国大陆为0.9%,韩国为2.13%,美国为2.1%-3%[4-6]。MET 14跳突发生率的差异可能与检测方法学、标本来源和种族差异有关。在本研究中,研究者使用基于靶向RNA的下一代测序(NGS)检测了951例中国NSCLC患者MET 14号外显子的变异情况。此外,在这些患者中,NSCLC其他主要驱动基因突变和PD-L1表达情况也被一并分析。

研究结果


本研究共纳入951例NSCLC患者,其临床特征总结如表1所示。入组患者的中位年龄为63岁,男性占55.3%(526/951)。吸烟史方面,51.1%(454/888)的患者从不吸烟,48.9%(434/888)曾经吸烟(63例资料缺失)。组织学亚型主要为ADC(81.2%,772/951)和SCC(15.9%,151/951)。其他组织学亚型包括腺鳞癌(ASC,1.2%,11/951)、大细胞癌(LCC,0.7%,7/951)、肉瘤样癌(SC,0.4%,4/951)和粘液表皮样癌(MEC,0.1%,1/951)。可获取病理分期信息的608例患者中,I期占17.3%(105/608),II期占4.4%(27/608),III期占16.4%(100/608),IV期占61.9%(376/608)。

表1. 入组患者的基线特征

检测到16例MET 14跳突,占NSCLC患者总数的1.7%(16/951)(图1A)。其中ADC 14例(87.5%),ASC 1例(6.3%),SC 1例(6.3%)。本研究未在SCC或其他组织学类型检测发现MET 14跳突。ADC和非鳞NSCLC的发生率分别为1.8%(14/772)和2.0%(16/800)。在本研究中,肿瘤标本是通过三种不同的方法获得的:手术切除、经皮肺活检(PTNB)和经支气管镜肺活检(TBLB)。NSCLC手术切除标本中MET 14跳突的检出率为2.3%(8/344),在ADC中为2.0%(6/307)(图1A)。951例NSCLC患者驱动基因突变情况如图1所示:EGFR突变444例(46.7%),KRAS突变99例(10.4%),ALK重排52例(5.5%),ERBB2突变31例(3.3%),BRAF突变18例(1.9%),ROS1重排13例(1.4%),ERBB4突变12例(1.3%),RET重排10例(1.1%)。也在ADC人群中评估了基因改变的比例(图1,左图)。与总体NSCLC患者相比,ADC中EGFR突变和ALK重排的比例略高。

图1. NSCLC(A)和肺腺癌(B)中不同来源标本驱动基因检出情况


表1展示了16例携带MET 14跳突的患者临床病理特征。除1例患者(59岁)外,其余均>60岁。MET 14跳突NSCLC患者与其他驱动基因突变NSCLC患者的中位年龄有显著差异,如ALK(66 vs 54,P=0.001)和ROS1(66 vs 59,P=0.010;图2A),表明MET 14跳突患者比其他驱动基因突变患者年龄更大。此外,MET 14跳突和野生型患者中,性别和从不吸烟的比例没有显著差异。未发现MET 14跳突与肿瘤原发灶位置和分期之间存在显著的关联(图2B和C)。

图2. MET 14跳突患者的临床特点。(A)具有不同驱动基因突变的患者中位年龄。(B) MET 14跳突和野生型群体的性别比例。(C) MET 14跳突和野生型群体的吸烟史比较。(D)PD-L1在MET 14跳突、MET 14野生型、EGFR突变和EGFR野生型群体中的表达状况。


共有364例患者进行了c-MET免疫组化(IHC)检测并归入c-MET队列。根据染色强度(阴性、弱、中、强)和肿瘤细胞的阳性率,c-MET队列中的患者被分为4个亚组:3+(n=49,13.5%)、2+(n=160,44.0%)、1+(n=122,33.5%)和0(n=33,9.0%)。c-MET队列有MET 14跳突患者7例,3例(42.9%)评分为3+,3例(42.9%)评分为2+,1例(14.2%)评分为1+。MET 14跳突、MET 14野生型患者中分别有85.7%(6/7)和56.9%(203/357)的NSCLC患者出现MET过表达,卡方检验显示两组间无显著差异(P=0.253)。

当有足够的组织标本时,研究者使用IHC评估PD-L1的表达状态。采用肿瘤比例评分(TPS)评价PD-L1蛋白的表达情况。在401例接受PD-L1表达检测的患者中,PD-L1阴性(1%<TPS)196例(48.9%),低表达(1%≤TPS≤49%)132例(32.9%),高表达(TPS≥50%)73例(18.2%)(表1)。本队列中有13例携带MET 14跳突的患者,其中PD-L1高表达9例(69.2%),PD-L1低表达或阴性4例(30.8%)(表1)。MET 14跳突和MET 14野生型患者PD-L1表达状态差异有统计学意义,携带MET 14跳突的NSCLC患者PD-L1倾向于高表达(69.2% vs 17.3%,P<0.01)。相反,与EGFR野生型患者相比,EGFR突变患者PD-L1高表达的比例显著更低(9.3%比26.9%,P<0.01;图2D)。

基于DNA和RNA的NGS被用于识别肺癌相关基因改变,包括融合、截断、框内突变和错义突变。在16例MET 14跳突患者中,1例EGFR外显子19缺失,突变丰度低(EGFR c.2240_2257 del,1.41%)。其他常见致癌驱动基因如KRAS、ALK、ROS1、RET等均未发现与MET 14跳突相关的突变。在EGFR/KRAS/ALK/ROS1/RET野生型NSCLC患者中,MET 14跳突检出率为4.7%(16/340)。作为一种主要的抑癌基因,TP53共突变在驱动基因突变阳性人群中广泛存在。在本研究中,48%(444/935)的NSCLC患者检测到TP53突变,其中46.2%(205/444)携带EGFR突变,49.5%(49/99)携带KRAS突变,21.2%(11/52)携带ALK重排,38.5%(5/13)携带ROS1重排,20%(2/10) 携带RET重排。在MET 14跳突和野生型患者中,TP53共突变的比例分别为37.5%(6/16)和47.5%(444/935),两组间差异无统计学意义。

结论


根据基于RNA的NGS评估结果,东亚人群肺ADC MET 14跳突的发生率与西方人群相近。MET 14跳突NSCLC患者年龄大于其他驱动基因突变患者,如EGFR、ALK和ROS1。此外,PD-L1倾向于在MET 14跳突NSCLC患者中高表达。


本文主要参考

[1]Xu Z, Li H, Dong Y, et al. Incidence and PD-L1 Expression of MET 14 Skipping in Chinese Population: A Non-Selective NSCLC Cohort Study Using RNA-Based Sequencing. Onco Targets Ther. 2020;13:6245-6253. Published 2020 Jun 30. doi:10.2147/OTT.S241231。

其他参考文献
[1]Hirsch FR, Scagliotti GV, Mulshine JL, et al. Lung cancer: current therapies and new targeted treatments. Lancet (London, England). 2017;389(10066):299-311.
[2]Sadiq AA, Salgia R. MET as a possible target for non-small-cell lung cancer. Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology. 2013;31(8):1089-1096.
[3]Comprehensive molecular profiling of lung adenocarcinoma. Nature. 2014;511(7511):543-550.
[4]Frampton GM, Ali SM, Rosenzweig M, et al. Activation of MET via diverse exon 14 splicing alterations occurs in multiple tumor types and confers clinical sensitivity to MET inhibitors. Cancer discovery. 2015;5(8):850-859.
[5]Awad MM, Oxnard GR, Jackman DM, et al. MET Exon 14 Mutations in Non-Small-Cell Lung Cancer Are Associated With Advanced Age and Stage-Dependent MET Genomic Amplification and c-Met Overexpression. Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology. 2016;34(7):721-730.
[6]Schrock AB, Frampton GM, Suh J, et al. Characterization of 298 Patients with Lung Cancer Harboring MET Exon 14 Skipping Alterations. Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer. 2016;11(9):1493-1502.

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审批编号:CN-124368   过期日期 2024-11-14


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