单细胞技术最新进展丨技术突破使得相关研究频发顶刊，带来临床科研的多项突破
Knowledge is power.
让科研和SCI论文成为临床工作的副产品。
（👆，仅限于医生和生物科研者）
关键词：单细胞；基金；临床科研
以单个细胞为单位，解析基因表达测序、细胞的行为，都称为单细胞技术；单细胞测序技术是指在单个细胞水平上，对基因组、转录组、表观组等遗传信息进行高通量测序分析的一项技术。
传统的测序方法（芯片表达谱分析、二代测序）从大量的样本细胞中提取DNA或者RNA进行测序，测序后得出的数据信息是全部细胞的平均值，丢失了不同细胞个体之间的异质性（同类型细胞的功能并非完全相同）；
提取同种组织的同类型的单个细胞分别进行分析（转录组、表观基因组、蛋白质组和时空特性的基因表达分析、其他的功能分析），可以记录同类型细胞在不同时期、不同位点的功能的不同表现形式、以及与周围环境的互作——一个高度动态的过程。
https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/msb.20188746）
（R包Augur识别出能够在瘫痪后行走的神经元细胞亚型。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7610525/）
单细胞研究一直以来都是顶级期刊、基金资助、临床研究、药物研发上市的多重热点。
精选文献思路速览：
■ 在单细胞分辨率下，肺癌患者的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）参与肿瘤巢的T细胞排斥。
■ 乳腺癌中脂质处理和免疫调节内皮细胞的单细胞图谱
■ 在单细胞分辨率下发现，与对难治性 B细胞淋巴瘤的 CAR-T 疗法的反应相关的不同细胞动力学。
■ 在单细胞分辨率下发现，造血干细胞移植化疗 导致脑内小胶质细胞衰老和外周巨噬细胞的侵入。
■ 在单细胞分辨率下发现，长达十年的白血病缓解患者持续存在CD4+ CAR-T 细胞。
■ 在单细胞分辨率下，溃疡性结肠炎患者的体液中浆母细胞的反应与疾病活动相关。
■ 在单细胞分辨率下，研究动脉粥样硬化中，B淋巴细胞、T淋巴细胞减毒剂刺激通过调节滤泡B细胞对动脉粥样硬化的预防作用
■ 在单细胞分辨率下，研究饮食引起的血脂异常诱导调节性 T 细胞的代谢和迁移适应。
检索工具：文献鸟/PubMed
检索时间：Octorber 16, 2022
检索及分析机构：Healsan Consulting LLC（美国恒祥咨询）; Stork（文献鸟）
检索词：single cell[Title/Abstract]
单细胞论文发表的
全球已经在单细胞领域发表了61,310篇Medline收录的文献；文献鸟则检索到61,191篇，对其中的10,977篇进行分析，基本涵盖最近一年的研究。
时间分布显示，可以看到针对单细胞的研究论文数量，2022年截止目前有7,265篇。
国家分布可以看到，美国发表的文章数占37.4%；
中国发表的研究论文数量为2,142篇，占19.6%，排在第二位；
德国、日本和法国分列第三到五位。
学术机构排名
德克萨斯大学MD安德森癌症中心、湘雅医院、布莱根妇女医院等是发表论文最多的医院。
研究热点基因和相关疾病
乳腺癌，SARS-CoV-2，大肠癌、黑色素瘤、白血病等是单细胞研究中最关注的疾病。
单细胞研究还主要涉及肺癌、胰腺癌、前列腺癌、糖尿病、卵巢癌、关节炎、胃癌等疾病。
可以看到发表单细胞相关研究最多的五个杂志是Front Immunol (IF=8.8)、 Nat Commun (IF=17.7)、 Front Cell Dev Biol(IF=6.1)、 Sci Rep (IF=5) 、 Cell Rep (IF=10)等。
我们也附上部分期刊的影响因子、分区、从投稿到接受的天数等，对于投稿有非常重要的参考价值。
国际单细胞研究论文中
最有影响力的学者。
学者影响力是基于
学者在该领域的论文影响因子总分。
其中伦敦帝国理工学院的Renzoni, Elisabetta A；澳大利亚查尔斯王子医院的Mackintosh, John A；纪念斯隆凯特琳癌症中心的Mitschka, Sibylle等是单细胞研究领域最为活跃的学者。
的经典论文
Guilliams M, et al. Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches. Cell. 2022 Jan 20;185(2):379-396.e38. doi: 10.1016/j.cell.2021.12.018. Epub 2022 Jan 11. PMID: 35021063; PMCID: PMC8809252. Chen A, et al. Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays. Cell. 2022 May 12;185(10):1777-1792.e21. doi: 10.1016/j.cell.2022.04.003. Epub 2022 May 4. PMID: 35512705. Chung ES, et al. Types and functions of heterogeneity in mycobacteria. Nat Rev Microbiol. 2022 Sep;20(9):529-541. doi: 10.1038/s41579-022-00721-0. Epub 2022 Apr 1. PMID: 35365812. Emont MP, et al. A single-cell atlas of human and mouse white adipose tissue. Nature. 2022 Mar;603(7903):926-933. doi: 10.1038/s41586-022-04518-2. Epub 2022 Mar 16. PMID: 35296864; PMCID: PMC9504827.. Garcia FJ, et al. Single-cell dissection of the human brain vasculature. Nature. 2022 Mar;603(7903):893-899. doi: 10.1038/s41586-022-04521-7. Epub 2022 Feb 14. PMID: 35158371.
Melenhorst JJ, et al. Decade-long leukaemia remissions with persistence of CD4+ CAR T cells. Nature. 2022 Feb;602(7897):503-509. doi: 10.1038/s41586-021-04390-6. Epub 2022 Feb 2. PMID: 35110735; PMCID: PMC9166916.（在单细胞分辨率下发现，长达十年的白血病缓解患者持续存在CD4+ CAR-T 细胞） Uzzan M, et al. Ulcerative colitis is characterized by a plasmablast-skewed humoral response associated with disease activity. Nat Med. 2022 Apr;28(4):766-779. doi: 10.1038/s41591-022-01680-y. Epub 2022 Feb 21. PMID: 35190725; PMCID: PMC9107072.（在单细胞分辨率下，溃疡性结肠炎患者的体液中浆母细胞的反应与疾病活动相关） Sailor KA, et al. Hematopoietic stem cell transplantation chemotherapy causes microglia senescence and peripheral macrophage engraftment in the brain. Nat Med. 2022 Mar;28(3):517-527. doi: 10.1038/s41591-022-01691-9. Epub 2022 Feb 21. PMID: 35190726.（在单细胞分辨率下发现，造血干细胞移植化疗 导致脑内小胶质细胞衰老和外周巨噬细胞的侵入） Haradhvala NJ, et al. Distinct cellular dynamics associated with response to CAR-T therapy for refractory B cell lymphoma. Nat Med. 2022 Sep;28(9):1848-1859. doi: 10.1038/s41591-022-01959-0. Epub 2022 Sep 12. PMID: 36097221; PMCID: PMC9509487.（在单细胞分辨率下发现，与对难治性 B细胞淋巴瘤的 CAR-T 疗法的反应相关的不同细胞动力学。）
三，如何开启自己的
单细胞研究
问题是：如何开始呢？最简单的方法：从模仿，到超越。
A，基础研究：
在研基金
如美国The University of Texas MD Anderson Cancer Center的Kalluri, Raghu目前在研的6项课题。
举例获资助最高的项目为：
Rigorous and reproducible mutational analysis of the urinary exosomal DNA
(2022) Single cell atlas identifies lipid-processing and immunomodulatory endothelial cells in healthy and malignant breast. Nat Commun（乳腺癌中脂质处理和免疫调节内皮细胞的单细胞图谱）
(2021) Diet-induced dyslipidemia induces metabolic and migratory adaptations in regulatory T cells. Cardiovasc Res（在单细胞分辨率下，研究饮食引起的血脂异常诱导调节性 T 细胞的代谢和迁移适应）
(2022) B- and T-lymphocyte attenuator stimulation protects against atherosclerosis by regulating follicular B cells. Cardiovasc Res（在单细胞分辨率下，研究动脉粥样硬化中，B淋巴细胞、T淋巴细胞减毒剂刺激通过调节滤泡B细胞对动脉粥样硬化的预防作用）
B，转化医学：
在研基金
比如Washington University in St. Louis的Humphreys, Benjamin D 目前在研的3项课题，专注于肾内科的临床疾病：
举例有：
发表的论文
(2022) Ulcerative colitis is characterized by a plasmablast-skewed humoral response associated with disease activity. Nat Med（在单细胞分辨率下，溃疡性结肠炎患者的体液中浆母细胞的反应与疾病活动相关）
(2022) Spatial positioning and matrix programs of cancer-associated fibroblasts promote T cell exclusion in human lung tumors. Cancer Discov（在单细胞分辨率下，肺癌患者的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）参与肿瘤巢的T细胞排斥）
(2022) Neutralizing Anti-Granulocyte Macrophage-Colony Stimulating Factor Autoantibodies Recognize Post-Translational Glycosylations on Granulocyte Macrophage-Colony Stimulating Factor Years Before Diagnosis and Predict Complicated Crohn's Disease. Gastroenterology（使用传统方法在克罗恩肠病患者的血清样本中寻找肠道免疫稳态的标记物。）
Hanson解读：
通过针对单细胞论文的大数据分析，我们可以快速了解该领域研究的总体势态、研究热点、重要机构、突出学者、经典论文及这些论文发表的期刊分布。
1）单细胞研究，目前是医生科学家最好的切入时机。一方面，单细胞的机制已经比较清楚；另一方面，目前针对单细胞在不同类型的糖尿病、及并发症的干预效果研究还远远不够。
2）针对单细胞研究，目前发表了11,235篇Medline论文，且论文数量快速增长。且有非常高的比例发表在高质量期刊上。
发文最多期刊是Front Immunol (IF=8.8)、 Nat Commun (IF=17.7)、 Front Cell Dev Biol(IF=6.1)、 Sci Rep (IF=5) 、 Cell Rep (IF=10)等。有23.8%的研究发表在影响因子大于9分的期刊,5.4%发表在24分以上期刊。
3）单细胞研究领域广泛，除了算法开发、细胞命运与发育进化本身，单细胞技术对免疫相关疾病（肿瘤、自身免疫病等）的病变部位细胞的亚群分组，以实现疾病的精确个体化诊断靶向治疗，等临床转化应用方向都有深入探索。
4）针对单细胞研究最有影响力的论文，已经由机制探索、细胞和动物实验，转向临床转化和研发。
5）由于我们的专业知识所限，本大数据分析可能存在误差；且仅为学术交流用，不用于任何排名或者比较。也期待各位专家点评及提出改进意见。
6）更多大数据分析报告，在本公众号主页面下回复“大数据”查看；如回复“肿瘤科”或“外泌体”，获得对应研究领域推送资料。
既往相关推文：
编辑：Henry，微信号：Healsan。
作者简介：美国Healsan Consulting(恒祥咨询)，专长于医学生物大数据分析、临床科研设计和SCI论文深度润色；并提供上述服务，包括针对您课题的大数据分析。
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