【模板】应用文献计量分析，对疾病从首例报道到临床试验做了全面梳理；发在5+SCI期刊

2023-03-16 00:03

Bringing medical advances from the lab to the clinic.

（仅限于生物医学领域）

关键词：文献计量分析；开题；SCI论文

导言：

文献计量分析（Bibliometric Analysis）可以定量展示某研究领域的发展历程、研究热点以及发展方向；在选题、撰写文献综述、开题、或者基金项目研究背景时，从海量的文献中，快速定位到领域内的关键文献、当前的研究趋势等信息，能让我们更高效、全面地了解某研究领域的发展历史、现状以及发展方向，为完成高质量选题及撰写文章提供参考资料，并让研究者能撰写一份引文出处一目了然的可视化的综述。

另外，文献计量分析本身也可以单独发表成SCI论文，归类包括original artical和review。

文献计量学2023：SCI论文爆发式增长，医生再次成为作者的主体。你也可以发表！

近期后台有很多读者强烈要求我们出一个文献计量分析论文的解析系列，我们用文献鸟检索了一下，发现文献计量分析SCI论文的发文数量在过去三年里，每年几乎翻一倍（2020年468篇，2021年821篇，2022年1,618篇）。

既是响应读者要求，也顺应发展趋势，我们今天开始解析文献计量分析的推文系列。

看完本文之后，就可以弄明白文献计量分析应该怎么做、文献计量分析的结果要怎么用这两个问题。

解读原文来源：

From first report to clinical trials: a bibliometric overview and visualization of the development of Angelman syndrome research. 2022 Dec，Hum Genet，2区/IF=5.8

复盘：

Fan

1.论文年发表量、学科发展史简图

（A）1976年-2021年，Angelman syndrome （AS）研究逐年发文总数量的概览。
（B）将1976年-2021年AS研究的文献使用GCS（Global citation score）排序；阅读每年引用次数最多的文献，做出里程碑文献的标记，绘制学科发展史的简图。

（A）1976年-2021年，AS研究逐年发文总数量的概览。（B）将历年AS研究的文献使用GCS（Global citation score）排序；先按照年份归类，然后阅读每年引用次数最多的文献，做出标记，从而得到学科发展史的简图的资料。

先按照年份归类，然后查看每年最高引的文献，标记出有里程碑意义的文献，从而得到学科发展史的简图的资料。

原文作者是AS领域的专科研究者，对学科发展里程有很清晰的了解。

学科发展史简图中1965年的AS病例的第一份报告（Angelman et al. 1965），不在检索范围中，是手动添加的；

1965年之后，AS领域的第一个重要进展出现在1993年（Huibregtse et al. 1993），在原本与AS研究无关的肿瘤研究中发现UBE3A；

1997年UBE3A被确认是AS病理生理学的致病基因（Kishino et al. 1997，Matsuura et al. 1997）；

进一步的遗传研究揭示，调节UBE3A表达的复杂机制，在大多数哺乳动物细胞中为双等位基因表达，父系遗传的UBE3A等位基因在神经元中沉默（Rougeulle et al. 1997; Runte et al. 2001; Yamasaki et al. 2003），影响母体UBE3A等位基因的缺失/突变会影响UBE3A水平和大脑功能，引发AS(Kishino et al. 1997)；

动物模型的成功研发对UBE3A在神经元功能和神经发育中的作用、药物测试起到关键作用(Jiang et al. 1998)；

此后，AS患者的临床特征的研究，为AS奠定了坚实的诊断标准，以及最佳实践治疗(Williams et al. 1998)；

在过去的二十年中，AS研究主要集中在AS病理生理学的分子层面（Dindot et al. 2008），这得益于患者来源的iPSC（诱导多能干细胞）的引入（Chamberlain et al. 2010）。

2012年，开发出拓扑异构酶抑制剂重新激活父系UBE3A等位基因的策略（Huang et al. 2012），2015年的研究发现，ASO可用于重新激活父系UBE3A（Meng et al. 2015）；
目前，AS领域发展到使用靶向治疗改善AS症状，已进入临床试验阶段；“解沉默”父系UBE3A基因的临床试验有望显著改善患者生活质量。

2. 发文期刊和基金资助来源

（A）AS研究论文发表数量的期刊分布
（B，C）AS研究的赞助机构排行

（A）AS研究论文发表数量的期刊分布；（B）（C）AS研究的赞助机构排行

用第一组检索词查看AS研究最常发表的期刊分布：

发文量排名前40的期刊中，大多数AS研究发表在AMERICAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS（AJMG），该期刊在2002年分为PART A和B两部份，之后AS研究被纳入PART A。Human Molecular Genetics、American Journal of Human Genetics也是AS研究发文量很大的期刊。从图中可以明显看出，AS研究发文量排名前7的都是遗传学领域的期刊；只有少数AS研究发表在LANCET、NATURE这样的顶刊上，但这些文章中有一些是AS研究领域引用率最高的论文。

AS是一种罕见病，研究资金普遍稀缺，所以原文作者研究了哪些组织是已发表的AS研究的赞助方；原文作者使用的是WOS的进阶分析功能InCites。

3.研究要点与研究变化趋势

（A）关键词聚类可视化生成的聚类簇，体现了AS研究的不同要点。

（B）随着时间的推移，AS研究重点的转变趋势。

（C）1991年-2019年，研究重点的转变趋势在期刊学科类别中的体现。

下图中关键词聚类可视化生成了五个簇，三个聚类簇为AS的遗传学研究要点：

绿色簇为AS的遗传力研究，最常见术语是“chromosome15”、“15q deletion”，chromosome15是携带UBE3A基因的染色体，大多数AS病例是15q11.2-q13染色体近端长臂的从头间质缺失的结果，导致UBE3A的表达缺失；除AS外，该区域对另外两种神经发育障碍“Prader-Willi综合征”（PWS）、“Dup15q综合征”至关重要，这两种疾病通常与AS研究共同进行；“DNA甲基化”、“基因组印记（genomic imprinting）”和“印记中心（imprinting center）”是ASO等靶向疗法的研究重点。

黄色簇和紫色簇为AS的表观遗传学研究，“体外受精”与AS发病率增加有关。

AS领域的研究方式包括了体内研究（in-vivo）和体外研究（in-vitro）。
另外两个聚类簇（蓝色簇和红色簇）为功能研究。

蓝色簇主要描述了AS分子机制的研究主体，如UBE3A(/E6-AP)蛋白功能的研究，“泛素连接酶”、“蛋白酶体”、降解”是UBE3A细胞功能相关的术语；“突变”“表达”，AS患者的UBE3A突变如何影响蛋白质的表达、使其去功能；“神经元”，“大脑”和“突触可塑性”是UBE3A神经元功能相关的术语。

红色簇为AS的疾病特征的临床研究重点，“儿童”为重点研究对象，“智力残疾”、“癫痫”、“睡眠”为受影响个体最常见的AS表型；这里也包括AS与其他神经发育障碍疾病之间的比较。

（A）关键词聚类可视化生成的五个簇，体现了AS研究的不同要点（复盘图）。

下图体现了随着时间的推移，AS研究重点的转变趋势，代表了AS研究的当前趋势：如AS研究的遗传学的明显进展，从AS的遗传力、表观遗传机制研究，确定致病的基因位点后，转向UBE3A的分子功能上；临床研究方法的进展体现为，描述更详细的表型（儿童表型-成人表型-青少年表型），以阐明AS的特征。
（由图3A中的绿色簇转移至蓝色簇和红色簇）

(B)随着时间的推移，AS研究重点的转变趋势（复盘图）。

研究重点的转变也反映在期刊学科类别的变化上；使用Web of Science的期刊学科归类，得出每5年时间段内不同学科类别的期刊发表AS研究论文数量的变化情况，绘制折线图如下：AS研究主要围绕遗传学展开（大多数期刊的归类为“Genetics Heredity（遗传学）”）；1995年开始，AS研究以稳定的频率发表在学科类别为“生物化学和分子生物学（Biochemistry Molecular Biology）”，“临床神经病学（Clinical Neurology）”和“儿科（Pediatrics）”的期刊上，每种类型期刊的年发文量约50-80篇；过去二十年中，AS研究在“神经科学（Neurosciences）”类别的期刊上发文量显著增加，这与图3B中的研究重点转向功能学研究的趋势一致。

4. 研究合作网络。

（A）活跃在AS领域的研究者合作网络。
（B）AS研究的国家间合作的可视化网络。

AS为一种罕见病，有一个相对明确的研究合作网络；

下图用可视化网络显示了活跃研究人员的合作情况。每个球体表示一个作者，大小与发文数量相关，颜色代表论文的平均出版时间（近几年最活跃，或前几年更活跃）：处于网络最中心的研究者为Robert Nicholls、Bernard Horsthemke、Karin Buiting，这三位研究者活跃于1995年-2005年，是AS表观遗传机制研究的先驱；Arthur Beaudet的研究小组对UBE3A在AS小鼠模型中的发病机制做出了巨大贡献；Merlin Butler专注于AS儿童的临床评估，发文活跃时间为2010年前后（与图3B所示研究领域的发展趋势一致）。
Ben Philpot与Ype Elgersma的研究组专注于UBE3A功能相关的分子病理生理学，Chris Oliver与Lynne Bird的研究组专注于个体的临床研究，这四个小组的着色为黄色，表示研究活跃时间为最近几年。

（A）活跃在AS领域的研究者合作网络（复盘图）。

将图4A中的节点替换成国家/地区，可见大多数AS研究来自美国，德国、荷兰、意大利等欧洲国家与英国也为AS研究做出了很大贡献；中国、印度、新加坡是AS研究中近几年活跃的国家

（B）AS研究的国家间合作的可视化网络（复盘图）。

5. 关键词的分析。

（A）原发性ITP领域作者关键词的词云。

AS研究的最终目标是改善患者的生活，因此这一步，调研AS治疗方案发展相关的文献。

已经有许多针对AS患者的对症治疗方案，网络中可见最多侧重于癫痫发作（epilepsy）的治疗（这是AS最严重的症状之一），左乙拉西坦(levetiracetam)、丙戊酸（Valproic acid）、托吡酯（topiramate）为常用的抗癫痫药物；基因疗法（gene therapy，delivery）、反义寡核苷酸(Antisense oligonucleotides， ASOs)是近年治疗方案的研究热点。