免疫逃逸大数据2022丨基金资助项火速增加；超越新冠，在肿瘤研究中更屡获突破
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关键词：免疫逃逸；基金；临床科研
1，美国国立卫生研究院基金资助
美国目前专门用于免疫逃逸研究的课题共有3,401项（关键词：immune evasion）。从2011的44项，一直到2022年的554项
(美国国立卫生研究院基金资助的时间分布和项目数量）
2，论文质量和增速
到2022年11月13日，免疫逃逸研究领域已经发表了32,374篇PubMed收录的论文。2011年仅有1,163篇论文，2021年有3,829篇论文，2022年到目前已经发表了3,763篇论文；论文发表数量增速极快。
*抗原性减弱/抗原调变，不能诱发有效的免疫应答；人体对抗原的免疫应答导致抗原减少或丢失，使抗原不被免疫系统识别，得以逃避免疫攻击。
*人体宿主细胞表面“抗原覆盖”或被封闭。
*MHC表达异常。
*细胞抗原加工途径缺陷或改变。
*粘附分子及协同刺激分子的缺乏。
*分泌免疫抑制因子、抑制免疫细胞：包括T细胞耗竭，“冷却”免疫系统的免疫抑制细胞因子，免疫检查点抑制等状况。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32183950/）
（HIV-1感染与表位长度变异平衡相关的保护性免疫反应和病毒逃逸。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35235807/）
（乙型肝炎病毒RNA通过增强腺苷脱氨酶ADAR1转录，逃避肝细胞中的先天免疫识别。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34253859/）
（弓形虫通过分泌效应蛋白——菱形蛋白ROP、致密颗粒蛋白GRA——介导的免疫逃逸机制。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33627834/）
4, 精选文献思路速览：
■ GPRC5D-靶向CAR T细胞治疗骨髓瘤。【临床试验】[2]
■ 癌症免疫逃逸中的CD58-CD2 轴。 [6]
■ 诱导广泛中和抗体的HIV-1 疫苗策略。 [5]
■ HLA 非依赖性 T 细胞受体，用于靶向具有低抗原密度的肿瘤。 [8]
■ 人乳头瘤病毒：多样性、感染和宿主相互作用。 [9]
■ 人单克隆抗体靶向的流感病毒 N1 神经氨酸酶的新表位 [14]
■ 缺乏血凝抑制活性的新型交叉反应性乙型流感病毒血凝素头部特异性抗体的表征 [16]
■ 人类对甲型流感病毒感染和疫苗接种的抗体反应 [17]
■ 骨骼感染：微生物发病机制、免疫和临床管理。 [10]
■ 小鼠模型中血凝素茎域的突变不允许逃避保护性、基于茎的疫苗诱导的免疫反应 [15]
■ 人类 ACE2 的受体结合和复杂结构从 omicron 和 delta SARS-CoV-2 中突增 RBD。 [7]
■ 免疫功能低下患者的 SARS-CoV-2 进化和免疫逃逸。 [1]
■ Omicron 可以避开大多数现有的 SARS-CoV-2 中和抗体。 [3]
■ SARS-CoV-2 的 Omicron 变体表现出引人注目的抗体规避。 [4]
■ SARS-CoV-2 Omicron 子变体 BA.2.75的抗原表征 [11]
■ SARS-CoV-2 Omicron 子变体 BA.2.12.1、BA.4 和 BA.5逃避抗体[12]
■ SARS-CoV-2 Omicron 亚谱系的抗体逃避特性 [13]
检索数据库：Medline
检索工具：文献鸟/PubMed
检索时间：November 13, 2022
检索及分析机构：Healsan Consulting LLC（美国恒祥咨询）; Stork（文献鸟）
检索词：immu*[Title/Abstract] AND （escape[Title/Abstract] or evasion[Title/Abstract]）
免疫逃逸论文发表的
全球已经在免疫逃逸领域发表了32,374篇Medline收录的文献；我们用文献鸟检索最近三年的数据，得到11,392篇，对其中的10,980篇进行分析。
时间分布显示，可以看到针对免疫逃逸的研究论文数量，2019年有1,630篇，2021年为3,354篇,2022年至今为3,516篇。
国家分布可以看到，
中国发表的研究论文数量为3,122，占28.4%，排在第一位。
美国发表的文章数占27.4%，排在第二位；
德国、意大利和印度分列第三到五位。
学术机构排名
复旦大学附属中山医院、纪念斯隆凯特琳癌症中心、德克萨斯大学MD安德森癌症中心、华西医院、中山大学附属肿瘤医院、上海交通大学医学院附属仁济医院等是发表论文最多的医院。
（全球发表论文的机构排名）
研究热点基因和相关疾病
SARS-CoV-2、乳腺癌、肺癌、黑色素瘤、大肠癌和白血病等是免疫逃逸研究中最关注的疾病。
免疫逃逸研究也涉及胰腺癌、胃癌、流感、前列腺癌、卵巢癌、结核、巨细胞病毒、压力应激、艾滋病病毒、多发性骨髓瘤、膀胱癌等疾病。
可以看到发表免疫逃逸相关研究最多的五个杂志是Front Immunol (IF=8.8)、 Cancers (Basel) (IF=6.6)、 Front Oncol (IF=5.7) 、 Int J Mol Sci (IF=6.2)、 Viruses (IF=3.8)等。
我们也附上部分期刊的影响因子、分区、从投稿到接受的天数等，对于投稿有非常重要的参考价值。
国际免疫逃逸研究论文中
最有影响力的学者。
学者影响力是基于
学者在该领域的论文影响因子总分。
其中北京大学的Cao, Yunlong；德国灵长类动物中心Infection Biology Unit的Hoffmann, Markus；巴黎大学的Planas, Delphine；华盛顿大学的McCallum, Matthew；WIN Consortium for Precision Medicine(法国)的Kurzrock, Razelle；加州大学圣地亚哥分校的Goodman, Aaron M；
威尔康奈尔医学的Marín-Hernández, Daniela等在免疫逃逸研究领域最为活跃。
二，免疫逃逸研究领域
的经典论文
所以我们通过大数据分析找到高引用论文，即领域内的经典论文。
高影响力的SCI论文为：
Scherer EM, et al. SARS-CoV-2 Evolution and Immune Escape in Immunocompromised Patients. N Engl J Med. 2022 Jun 23;386(25):2436-2438. doi: 10.1056/NEJMc2202861. Epub 2022 Jun 8. PMID: 35675197; PMCID: PMC9202319.[1] Mailankody S, et al. GPRC5D-Targeted CAR T Cells for Myeloma. N Engl J Med. 2022 Sep 29;387(13):1196-1206. doi: 10.1056/NEJMoa2209900. PMID: 36170501.【Clinical Trial】[2] Cao Y, et al. Omicron escapes the majority of existing SARS-CoV-2 neutralizing antibodies. Nature. 2022 Feb;602(7898):657-663. doi: 10.1038/s41586-021-04385-3. Epub 2021 Dec 23. PMID: 35016194; PMCID: PMC8866119.[3] Liu L, et al. Striking antibody evasion manifested by the Omicron variant of SARS-CoV-2. Nature. 2022 Feb;602(7898):676-681. doi: 10.1038/s41586-021-04388-0. Epub 2021 Dec 23. PMID: 35016198.[4] Haynes BF, et al. Strategies for HIV-1 vaccines that induce broadly neutralizing antibodies. Nat Rev Immunol. 2022 Aug 12:1–17. doi: 10.1038/s41577-022-00753-w. Epub ahead of print. PMID: 35962033; PMCID: PMC9372928.[5]
Quastel M, et al. The CD58-CD2 axis in cancer immune evasion. Nat Rev Immunol. 2022 Jul;22(7):409. doi: 10.1038/s41577-022-00738-9. PMID: 35589965.[6] Han P, et al. Receptor binding and complex structures of human ACE2 to spike RBD from omicron and delta SARS-CoV-2. Cell. 2022 Feb 17;185(4):630-640.e10. doi: 10.1016/j.cell.2022.01.001. Epub 2022 Jan 6. PMID: 35093192; PMCID: PMC8733278.[7] Mansilla-Soto J, et al. HLA-independent T cell receptors for targeting tumors with low antigen density. Nat Med. 2022 Feb;28(2):345-352. doi: 10.1038/s41591-021-01621-1. Epub 2022 Jan 13. PMID: 35027758; PMCID: PMC9469647.[8] McBride AA. Human papillomaviruses: diversity, infection and host interactions. Nat Rev Microbiol. 2022 Feb;20(2):95-108. doi: 10.1038/s41579-021-00617-5. Epub 2021 Sep 14. PMID: 34522050.[9] Masters EA, et al. Skeletal infections: microbial pathogenesis, immunity and clinical management. Nat Rev Microbiol. 2022 Jul;20(7):385-400. doi: 10.1038/s41579-022-00686-0. Epub 2022 Feb 15. PMID: 35169289; PMCID: PMC8852989.[10]
三，如何开启自己的
免疫逃逸研究
除了前面内容，您已经深信不疑的是：免疫逃逸研究很值得做。尤其是研究生选题，可能这是一辈子课题的好起点。
A，基础研究：
在研基金
如Columbia University的Ho, David D目前在研的7项课题，主要专注于HIV和血管炎症相关的基础研究：
2) Multiplex Small Molecule Discovery to Identify Broad-Acting Viral Protease Inhibitors
3) Precision Medicine Approach to Vitamin D3 Administration in Critical Illness
4) Engineering Clinical Trials on a Chip for Dystrophin-Deficient Muscular Dystrophy
5) Metabolic adaption of macrophages to heme detoxification in systemic vascular inflammation
6) Bispecific and Trispecific Anti-Env Antibodies for Eliminating HIV Reservoir Cells
7) Bispecific-Antibody-Drug Conjugates for Selective Targeting and Activation of the HIV Latent Reservoir
发表的论文
如Ho, David D的系列文章：
(2022) Antigenic characterization of the SARS-CoV-2 Omicron subvariant BA.2.75 Cell host & microbe[11]
(2022) Antibody evasion by SARS-CoV-2 Omicron subvariants BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 Nature[12]
(2022) Antibody evasion properties of SARS-CoV-2 Omicron sublineages Nature[13]
B，转化医学：
在研基金
比如Icahn School of Medicine at Mount Sinaigrid的Krammer, Florian目前在研的7项课题，主要专注于流感疫苗的研究，也包括了SARS-CoV-2的免疫机制：
发表的论文
如Krammer, Florian的系列文章：
(2022) Novel Epitopes of the Influenza Virus N1 Neuraminidase Targeted by Human Monoclonal Antibodies Journal of virology [14]
(2021) Mutations in the Hemagglutinin Stalk Domain Do Not Permit Escape from a Protective, Stalk-Based Vaccine-Induced Immune Response in the Mouse Model mBio [15]
(2020) Characterization of Novel Cross-Reactive Influenza B Virus Hemagglutinin Head Specific Antibodies That Lack Hemagglutination Inhibition Activity Journal of virology [16]
(2019) The human antibody response to influenza A virus infection and vaccination Nature reviews. Immunology [17]
通过针对免疫逃逸论文的大数据分析，我们可以快速了解该领域研究的总体势态、研究热点、重要机构、突出学者、经典论文及这些论文发表的期刊分布。
1）免疫逃逸研究，目前是医生科学家最好的切入时机。一方面，免疫逃逸的机制已经比较清楚；另一方面，目前针对免疫逃逸在病毒感染、不同类型的肿瘤、及并发症的干预效果研究还远远不够。
2）针对免疫逃逸研究，目前发表了32,374篇Medline论文，且论文数量快速增长。且有非常高的比例发表在高质量期刊上。
3）免疫逃逸研究领域广泛，除了肿瘤本身，在感染（如HIV、流感、结核、巨细胞病毒）、血管炎症等领域都有研究。
4）针对免疫逃逸研究最有影响力的论文，已经由机制探索、细胞和动物实验，转向临床转化和研发。
5）由于我们的专业知识所限，本大数据分析可能存在误差；且仅为学术交流用，不用于任何排名或者比较。也期待各位专家点评及提出改进意见。
6）更多研究靶点分析报告，在本公众号主页面下回复“靶点”查看；如回复“肿瘤科”或“外泌体”，获得对应研究领域推送资料。
编辑：Henry，微信号：Healsan。
作者简介：美国Healsan Consulting(恒祥咨询)，专长于医学生物大数据分析、临床科研设计和SCI论文深度润色；并提供上述服务，包括针对您课题的大数据分析。
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分析软件及致谢：
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