无样本条件要求“单细胞全长测序”,M20:非同质化竞争的根本创新
长期以来,研究人员通过转录组测序(RNA-seq)来检测组织或细胞群样本中的RNA,在分析样品的基因表达等情况时,单个细胞与细胞之间的差异有可能被群体的平均值所掩盖。为解决这一困扰,单细胞测序技术应运而生,且现已在肿瘤学、免疫学和神经科学等生物医学领域显示出了巨大潜力。
在实现了高通量、多组学等技术突破之后,当前的单细胞测序技术领域依然不乏挑战。灵敏度低、样本活性限制以及成本高昂,这些问题成为了单细胞相关领域发展的巨大阻碍。
目前大部分单细胞测序技术均基于PolyA进行RNA捕获,受到读长的限制只能得到细胞中RNA 3'端的信息,而不能获得全长信息。并且,基于PolyA的捕获方式,并不能应用到病毒、细菌等微生物的检测中。
另一方面,目前市场上绝大部分的高通量单细胞测序平台对样本的细胞活性要求都很高,想要得到有意义的数据,通常细胞活性需要达到70-80%及以上。然而,实际上,临床的大部分样本为冻存或福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)处理的组织,细胞活性极低,很难利用目前的单细胞测序技术进行有效检测。
2022年8月16日,M20 Genomics(以下简称:M20)正式发布其全球首个基于随机引物的全样本高通量单细胞全长测序技术——“M20 Seq”,以及其全样本高通量单细胞测序产品VITA系列。
捕获全长序列,
不再受样本条件影响
“M20 Seq”技术的问世标志着单细胞测序技术进入一个崭新的时代——从科研走向临床应用的2.0时代。
基于M20 Seq方法的VITA平台可以实现全样本类型、全物种、全长单细胞转录组研究,将极大拓宽单细胞技术的应用领域。该系列产品主要包括:VITAPilote系列试剂盒、VITACruiser单细胞制备仪和VITASeer软件及数据平台。
VITA系列产品全景图(图片来源:M20 Genomics)
VITA突破性地实现单细胞转录本全长序列测序,且从5’至3’基因覆盖度均一。
目前大多数企业无论是采用微孔板,还是液滴包裹的单细胞标记平台,都以捕获polyA的方式获取RNA序列,这种捕获方式将产生末端偏好,即不能获得RNA的全长序列。而M20自主开发设计的随机引物能够结合mRNA的各个部位,结合完成后,再添加M20的特殊标签在尾端,即可完成全长序列捕获。
VITA平台实现5’-3’端全长覆盖度(图片来源:M20 Genomics)
基于随机引物技术,M20可将单细胞的应用场景拓宽至更多物种,如微生物领域,并且全长所带来的更全面的序列信息也提高了该项技术的临床推广可能性。更重要的是,这种不依赖于polyA捕获方式的单细胞测序技术解决了临床样本取材的痛点,使样品RNA片段的破损或断裂对检测准度的影响较小,摆脱了样品新鲜度的束缚。
不同样本类型的基因检出数(图片来源:M20 Genomics)
在检测精度准度方面,VITA的双胞率做到了低于2%。并且,基于随机引物的底层逻辑,随着测序量的增加,基因检出数相应增加,在500K reads/cell的测序深度下,未出现明显平台期。据M20透露,在极大提升测序量的情况下,VITA平台可实现高达平均每个细胞10000以上的基因检出数,这为检测稀有基因带来可能。
FFPE样本基因检出增长曲线(图片来源:M20 Genomics)
M20 seq技术做到了全转录组、全样本类型、全物种的覆盖,且具备高灵敏度与超高通量的检测实力。其不仅降低了单细胞测序技术的使用成本,更可以让科研和临床人员可以对医学样本库中的冻存、FFPE样本开展测序工作,推动单细胞技术在肿瘤、生殖、衰老和免疫等领域的应用。
有技术领先的科学家,
也有深耕单细胞领域的管理者
M20取得如此成果,主要归功于其科学家技术团队和运营管理团队。
M20的技术团队拥有生物化学、医学和生物计算等领域的学术背景与丰富经验。科学家团队主要从单细胞技术全局把控公司技术的发展方向。以科学家的视角,确保公司的发展不局限于眼前的蝇头小利,而是向对科学界真正有影响力的技术发起挑战。
在技术实现以后,产品的规模化量产、品控稳定和成本降低等,主要由仪器工程师和IVD工程师协作完成。
对于创新型企业来说,技术型人才是发动机,而产业化团队则要搭建整个机器的框架以及协调所有零部件的组合。高精尖技术的落地离不开产品转化、内外部运营管理、市场销售、以及外部资本的助力,只有技术和产业相结合才能确保整个项目以及公司的快速商业化发展。
但许多由科学家创建的企业都会遇到缺少合适的企业管理人才、缺少熟知领域的商业管理团队等境况。M20在过去的一年多时间中,通过磨合与实践,打造了一支将商业、资本和科学技术高效有机融合的具有高度凝聚力和战斗力的团队。
不走同质化模仿道路,
掌握核心创新技术才是根本
基于相似的底层技术原理,目前的单细胞测序市场的主要竞争方向是降低产品成本,因此价格战与配套服务成为许多企业头脑风暴的目标。M20联合创始人董灵博士在采访中表示,这样的发展趋势恐将科技创新型企业发展成为服务型企业,若想在市场激烈竞争中继续做一家创新型企业,掌握技术创新的能力,才是根本。
综合企业自身对技术、市场和客户的深度了解,M20从市场需求入手,以技术创新作为动力,技术壁垒作为保障,设计不同应用场景下的科研产品以及临床产品,对于市场的开拓主动性较高。
对M20来说,单细胞测序只是第一步,是帮助其打开生物医药之路的大门。在未来三年,顺应技术的开发,M20将开拓伴随诊断、临床治疗、药物开发等应用场景。
“事实上,基于我们独特的技术优势,我们已经在开发与肿瘤相关的面向临床治疗和药物开发的伴随诊断相关产品,目前进展良好,相信在不久之后就可以来到我们的用户手中。我们立志于打破技术壁垒,找到前进的力量,以新一代单细胞技术探索生命奥秘和疾病源头,为疾病诊疗领域开辟新的技术纪元。”董灵博士如是说。
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