【真实的科学】谁发现了mRNA?
摘要
1961年夏天,有那么几周简直是科学的狂欢——宣布发现信使RNA(mRNA)、破解其中的基因编码。虽然mRNA对理解基因作用有绝对重要性,诺贝尔奖却没有发给对它的发现。大量科学家都参与其中,获得的结果具错综复杂,半个世纪走过的研究道路可谓坎坷曲折。这些都反映出,简单确认“谁最先发现mRNA”并不能体现科研的本质。
正文
1961年5月13日,《自然》(Nature)期刊上发表了两篇文章。文章作者共有九人(Sydney Brenner、François Jacob,还有Jim Watson等),他们宣布分离出信使RNA(mRNA)[1][2]。同月,François Jacob和Jacques Monod在《分子生物学杂志》(Journal of Molecular Biology)上发表了一篇综述,他们讨论mRNA理论,论证其在基因调控中的作用[3]。这些文章,不仅体现强大的技术实力,还展现出科学家丰富的想象力,它们体现了人类对基因功能的全新思考。
对生命提出新见解,洞察力和深思熟虑固然发挥了决定性作用,但也离不开美国和欧洲众多团队十多年来的研究。他们试图解密:如何从DNA中获取遗传信息来产生蛋白质。我们重构那些年发生的事情,通过研究传出的论文,通过研究那些参与其中的人的回忆(他们的回忆录[4-8]和口述历史[9]),以及2014年8月举行的关于mRNA历史的会议演讲(该会议是由冷泉港实验室举办的,有关分子生物学和生物技术历史的)。
1944年, Avery、McLeod和McCarty发表论文,这是首次确认肺炎球菌中起“转化原理”(‘transforming principle)是DNA[10][11] 。从那以后,人们开始接受:DNA的遗传作用。20世纪50年代的大部分时间,”DNA是所有生物体中的遗传物质“是科学家所接受的“工作假说”(working hypothesis),但仅此而已。直到1961年,《自然》期刊的一篇论文表示,基因或许是由蛋白质而非DNA组成的[12]。在此期间,科学家们仍不清楚基因是如何发挥作用,他们持续关注这个问题。
1953年,Watson和Crick提出DNA分子上的碱基序列包含“遗传信息”[13],这是一个重大洞见。科学家的问题于是变成:这些信息如何转化为生物学功能——遗传密码的本质是什么,它的工作原理是什么。最初让大家聚焦到这个问题上的是宇宙学家George Gamow。1953 年夏天,Gamow写信给Watson和Crick,提出了一个遗传密码发挥作用的模型,该模型中蛋白质合成发生在DNA分子上[14]。
Crick认为Gamow理论模型虽然精巧,但不对。因为Crick相信,蛋白质合成并不直接涉及染色体DNA,而是发生在细胞质中并需要RNA,尽管他完全不清楚这个过程是如何发生的,也不清楚RNA的形式或功能是什么。Crick之所以这么认为,是因为他了解比利时Jean Brachet和瑞典Torbjörn Caspersson的工作。他们在20世纪40 年代报告:RNA主要在细胞质中,蛋白质合成在细胞质里进行,在细胞在合成蛋白质时RNA水平增加[15、16]。
第一个RNA具有基因功能的假说,来自巴黎的André Boivin。他富有远见,最早支持Avery关于DNA是遗传物质的观点。1947年,Boivin与Roger Vendrely在Experientia上发表了一篇法语文章,概述了他的观点;编辑做了一个英文摘要,简洁地表达:“大分子脱氧核糖核酸控制着大分子核糖核酸的构建,而核糖核酸控制细胞质酶的产生”[17]。
1952年,罗切斯特医学院的Alexander Dounce提出了一个生化模型,说明蛋白质合成如何发生在RNA分子上,而不在DNA上[18]。尽管这个模型是错的,但Dounce假设“给定肽链中氨基酸残基的特定排列,源自相应特定核酸分子中核苷酸残基的特定排列”——这是首次有人描述了Crick后来的核酸和蛋白质的“共线性”(colinearity)假说。次年,Dounce改进了他和Boivin关于核酸和蛋白质之间联系的概念,将其描述为“脱氧核糖核酸 - 核糖核酸 - 蛋白质”[19]。
虽然看起来和我们如今的理解相似,但Dounce并未在描述中具体说明RNA 的形式、位置或功能。当时还没人知道这些。此外,Dounce的模型不是基于不同种类分子之间的遗传信息转移——Watson和Crick还没发明出这个想法——而是基于三维RNA模板。Dounce认为,每个氨基酸都与DNA和RNA碱基有物理关系,是严格对应的。我们今天理解,它们之间是抽象的信息链接。
到了20世纪50年代中期,由于缺乏知识,人们对蛋白质合成过程中细胞质中发生的事情还是糊里糊涂。尽管50年代人们发现,在细胞质中的微粒体(microsomal particles)的结构富含RNA,但直到1958年一次会议的非正式讨论上,它们才被称为“核糖体”(ribosomes)[20]。 核糖体的RNA是唯一被明确识别的RNA形式。许多科学家认为DNA和蛋白质之间所存在的RNA中介,或许就是它。 最重要的是,没有充分证据表明,存在不与蛋白质结合的RNA[21]。
Crick的观点
1957 年,作为实验生物学协会 (Society of Experimental Biology) 研讨会的一部分,Francis Crick在伦敦大学学院发表了一次演讲。他的演讲题为“大分子的生物复制”[22]。 该讲座因Crick对中心法则(the central dogma)的描述而闻名,于次年出版。中心法则概述了一个细胞内信息转移的假说,并认为信息不可能从蛋白质转移到DNA。 在1956年未流通的一份文件中,Crick画图总结了他的观点(图 1)。
图1 Crick在一份未流通的文件中所画的中心法则
看起来Crick似乎在说存在mRNA。其实不然。和其他人一样,他仍然对核糖体的性质和功能缺乏了解,因而举步维艰。Crick认为,假说中细胞质“RNA模板”“显然”位于微粒体颗粒(即核糖体)。Crick假设每个核糖体都是由一个统一的蛋白质结构和一个独特的RNA序列组成,RNA是合成特定蛋白质的模板。Crick的这个观点,部分基于Mahlon Hoagland和Paul Zamecnik的发现——在蛋白质合成过程中,放射性标记的氨基酸最初仅存在于核糖体中,这强烈表明氨基酸必须通过核糖体才能结合成蛋白质[23]。这么看来,核糖体中的RNA很可能是制造蛋白质的模板。
为了解释每个氨基酸如何到达核糖体,Crick提出假说,即存在所谓的“适配器”(the adaptor):一组小的、高度不稳定的 RNA 分子,它将每个氨基酸带到核糖体,让核糖体产生蛋白质。同一时间,Hoagland和Zamecnik在对Crick假说不知情的情况下找到了这种RNA。我们今天称之为“转移RNA”(transfer RNA,tRNA)[24]。
Crick解释说,细胞质中必须至少有两种RNA。一种RNA位于核糖体内部,他把它叫做“模板RNA”(template RNA),还有一种RNA是每种类型的核糖体根据“模板RNA”合成的“代谢/可溶性RNA”(‘metabolic’ or ‘soluble RNA)。从形式、功能或位置上来看,它们都不是我们现在所说的mRNA。Francis Crick头脑再聪明,也没有认识到还需要第三种形式的RNA。
早期认识
回想起来,20世纪50年代有一些结果已暗示了存在基因产生作为中介的短命RNA,即我们所知的mRNA[25]。然而,要么结果不支持推测性的结论,要么是结果被错误地诠释。基本上这些文章现在只有历史学家还记得。当然可能还有其他一些结果,有待被重新发现。
• 1950 年,布鲁塞尔大学的Jeener和Szafarz试图识别不同RNA片段中的差分更新(differential turnover)。他们受限于相对原始的技术。然而,他们提出假说,认为RNA在细胞核中合成,然后以小分子的形式进入细胞质,在那里它与“大尺寸的细胞质颗粒”整合,然后消失[26]。1958 年,Jeener证明RNase在细菌细胞感染后阻止了噬菌体蛋白的合成,并得出结论:“快速更新的RNA……是感染的特定产物,在噬菌体蛋白的合成中发挥作用”[27]。
• 1952年和1954年,Monod团队[28]和Arthur Pardee[29]团队分别表明,在突变细菌中,β-半乳糖苷酶的合成需要存在特定RNA的核苷酸尿嘧啶,这表明RNA合成是蛋白质合成所必需的。他们的结论(也是Crick的结论)仅仅表明,细胞质中至少有一些RNA更新了。
• 1953年,Al Hershey的研究小组表明,细菌感染噬菌体后不久会产生一种RNA,这种 RNA既能高速合成,也能迅速分解。然而,这可能是感染的病理结果[30]。
• 1956年,Elliot 'Ken' Volkin(图 2)和Lazarus Astrachan使用放射性磷表明,大肠杆菌细胞被噬菌体感染后,RNA部分中出现放射性,其碱基组成与正常情况下大肠杆菌产生产生的RNA非常不同 [31]。他们的实验并没有揭示任何关于RNA功能的信息。Volkin和Astrachan倾向于认为,这种RNA的短暂存在形态是DNA的前体。
图2 Ken Volkin, one of the first to observe mRNA. (Image courtesy of Oak Ridge National Laboratory, U.S. Dept. of Energy.)
• 1958年,Volkin和Astrachan发现,虽然细菌在噬菌体感染后,迅速出现放射性RNA,但如果晚点添加同位素,则在DNA中的放射性比RNA中的更高[32]。他们对这些结果的解释,还是在于RNA如何作为DNA合成的前体。人们对他们的研究结果很感兴趣——Thomas Duke回忆当他们1956年FASEB会议上展示这些发现时,房间里挤满了人,自己只能在门口听[33]。1958年Monod组织的会议上,Volkin发表了演讲[9] 。不过,将他们的发现解释为“类DNA的RNA”,掩盖了这些结果的重要性。
• 1960年,Nomura、Hall和Spiegelman改进Volkin和Astrachan的方法,表明噬菌体感染后有两种形式的RNA被合成:一种在核糖体的部分,另一种在可溶性RNA中[34]。他们解释可溶性RNA:要么是核糖体RNA(或其分解产物)的前体,要么参与“氨基酸接受正常可溶性RNA”,换句话说,类似于Crick提出的适配器分子。
然而,当Nomura等人在对论文进行最后润色的同一时间,一次思想突破发生了,确凿无误地确认了mRNA。那是在剑桥的一次非正式讨论,几乎已经一个传奇了。在某些科学发现中,瞬间脑力激荡的作用真不小。
分离mRNA
故事很戏剧化,但它并不是发现信使RNA的必要条件。其他研究人员独立开展研究,他们没那么兴奋,也少点洞察力,却也从不同的途径得出了相同的结论[8][21]。他们的发现途径表明,即使未曾发生耶稣受难日的思想碰撞,科学家在那个时期前后也能分离出mRNA。
Jim Watson了解哈佛大学的Robert Risebrough的工作,所以他认为蛋白质合成是由于“无特定基因”(genetically non-specific)核糖体与临时“模板”RNA 分子发生作用。Watson和Risebrough、巴斯德研究所的François Gros和Howard Hiatt、哈佛大学的Charles Kurland和Wally Gilbert,合作开始了一系列实验。他们发现,曾短暂暴露于放射性标记RNA前体的细胞中,存在短暂存在的RNA分子。
Watson他们的实验花了很长时间,几乎要被别人捷足先登了。Watson听到Jacob、Brenner和Meselson向《自然》期刊提交了他们的论文后大怒,他1961年2月发了一封电报,要求Brenner在自己发表前暂缓发表(图 3)。三人大方地答应了Watson的请求,两篇文章背靠背刊登。
图3 Watson的电报
与此同时,Jacob和Monod以Brenner-Jacob-Meselson实验未发表的结果为基础,于1960年12月提交一篇长综述,其中描述了他们所称“信使 RNA”的潜在作用[3]。它发表在1961年5月的《分子生物学杂志》(Journal of Molecular Biology)上,与《自然》的两篇文章同时出现。
Jacob和Monod的综述内容量很大,优雅且富有远见。他们概述了对结构基因和调节基因的理解,然后专注于细胞质信使“X”的性质。他们审查广泛证据(几乎所有证据都来自对细菌或噬菌体的研究),提出了信使性质的五个标准:它是多核苷酸;其分子量应因情况而异;它的碱基组成应反映产生它的 DNA的组成;它应该至少暂时与核糖体有关联;它应该有很高的周转率。核糖体RNA和tRNA不符合这些要求,而Volkin和Astrachan以及最近Yčas和 Vincent在酵母中报道的瞬时RNA似乎是一个很好的候选者 [37]。Jacob和Monod将这种RNA组分称为“信使RNA”,他们最初将其缩写为“M-RNA”。
选择“信使”这个用词意义重大,这表明Jacob和Monod并没有从类似的模板分子的角度进行思考,而是开始从信息的角度看待问题。信息的形式不是重点——他们强调的是它的意义或功能。
1960年12月初,Sol Spiegelman和Benjamin Hall向PNAS 提交了一篇文章,表明在T2噬菌体中,DNA和瞬时RNA 显示出序列互补性并会发生杂交[38]。Crick于1957年首次编纂了信息从DNA到RNA 的传递途径,该途径已被证明是存在的。基因功能和蛋白质合成的主要概念组件,科学家已经有了。但还没有人证明,该系统确实有效。
局外人
在Jacob和Monod的论文提交之前,位于贝塞斯达(Bethesda)的国家关节炎和代谢疾病研究所(National Institute of Arthritis and Metabolic Diseases)里有一位默默无闻的研究人员也在考虑信使RNA。Marshall Nirenberg研究石蝇获得生物学硕士学位后又获得生物化学博士学位。申请Monod团队的博后职位被拒后,Nirenberg在贝塞斯达找到了一个职位,与魅力非凡的爵士乐狂热者Gordon Tomkins一起工作。Tomkins当时35岁,只比Nirenberg略资深。
Nirenberg最初研究诱导。看到Paul Zamecknik和 Severo Ochoa的“无细胞”( ‘cell-free’ in vitro)蛋白质合成的发展,他将注意力转向蛋白质合成的性质和遗传密码。Nirenberg保留了一系列引人注目的实验日记,其中记录了他的想法和灵感。1960年11月末,Nirenberg的日记充满了关于无细胞系统、信使RNA的重要性以及使用合成RNA作为关键的讨论:“你能用信使RNA淹没系统吗?”( “Can you swamp system with messenger RNA?” )他写道 [39]。
目前尚不清楚Nirenberg是从哪里了解到这个术语的——它尚未发表,唯一使用该短语提交的论文是Brenner-Jacob-Meselon论文,而Nirenberg似乎并不知道这篇论文[7]。尽管Nirenberg不是分子生物学核心圈子的一部分,但“信使 RNA”这个词在会议上被广泛流传,因此他有可能直接或通过参加其中一次会议的人听到的[40]。
然而,Nirenberg显然并没有完全理解巴黎、剑桥、加州理工学院和哈佛大学的研究人员所描述的三种RNA。直到1960年12月,Nirenberg的日记显示,他仍然持有蛋白质合成发生在DNA分子的观点。大多数科学家几年前就已经放弃了这个观点[41]。
1961年3月,Nirenberg和他的博士后Heinrich Matthaei向快速出版的期刊 《生物化学和生物物理研究通讯》(Biochemistry and Biophysical Research Communications)[42] 提交了一篇文章。在这篇论文中,他们描述了他们的无细胞蛋白质合成系统的结果,强调他们所谓的核糖体RNA和可溶性RNA 必须同时存在才能使实验进行;可溶性RNA本身不能驱动蛋白质合成。通过分级分离核糖体RNA,他们发现,有一部分的沉淀速度大约是可溶性RNA的三倍。
类似大小的与核糖体连接的RNA分子,1961年初Aronson和McCarthy[43]也描述过,但它们被看成核糖体前体或分解产物。Matthaei和Nirenberg虽然也困惑,但观点更尖锐,他们总结说:“我们研究中使用的部分或全部核糖体RNA可能对应了模板RNA或信使RNA”。尽管使用了“信使RNA”这个术语,但似乎Nirenberg仍然想知道核糖体是否是信使——这正是 Brenner-Jacob-Meselson实验旨在解决的问题。
令人惊讶的是,Nirenberg从未引用过这篇文章(仅被引用了 14 次);第一个引用它的人是Jim Watson,在他1962年的诺贝尔奖演讲中(他把作者弄错了)[21]。尽管有人认为这篇文章表明Nirenberg第一个分离了mRNA[41],但无论是讨论还是数据都不能证明这一说法是正确的。它表现出,围绕着蛋白质合成和基因功能中缺失的环节(信使RNA)展开的结果和技术,是多么错综复杂。
描述mRNA的性质和功能的《自然》和《分子生物学杂志》的副本送达世界各地的信箱和图书馆。此时的Heinrich Matthaei正在进行一项关键实验,该实验将读取遗传密码并实际演示mRNA的功能。他和Nirenberg已经证明,系统中添加烟草花叶病毒RNA后,蛋白质以惊人的速度被大量生产。遵循 Nirenberg过去几个月在实验室日记中精心安排的实验计划,Matthaei 完成了实验的最后一步。实验表明,如果将仅由尿嘧啶 ('poly U') 组成的合成 RNA分子添加到细胞中,系统会产生聚苯丙氨酸(polyphenylalanine)。遗传密码已被破解——嘧啶会编码组合成为苯丙氨酸。
1961年8月,莫斯科举行了国际生物化学大会。这些不知名的研究者所取得的突破在会上首次宣布。初秋,Nirenberg和Matthaei[44、45]在PNAS上描述了这些结果,这篇文章再次提到了“信使 RNA” ,但核糖体RNA和我们所说的 mRNA之间的混淆仍然存在,且在他们的实验中并没有提到 poly(U) RNA 具有mRNA 的功能。此外,他们没有引用最近发表的三篇首先使用mRNA一词的论文中的任何一篇(两篇 Nature 论文,Jacob和Monod的综述)。事实上,不知什么原因,Nirenberg从未引用过这三篇文章中的任何一篇[7]。
Nirenberg和Matthaei的革命性发现,彻底改变人们研究蛋白质合成和遗传密码的方式。这一发现加上人们对mRNA的确认,改变了我们对生命的思考。一旦我们获得理解,很多事情就都说得通了。1961年的那几个月,为随后的一切奠定了基础,永远改变了我们的理解。
结论
教科书作者、学生和维基百科编辑通常喜欢简单的故事。简化的mRNA历史表示:Jacob和Monod命名了mRNA,而Brenner、Jacob和Meselson随后将其分离出来。然而,真实发生的事情很复杂,也更符合我们对科学的认识——很多团队去努力去攻克一个问题,使用不同的技术,从不同的角度看待问题,然后最终取得突破,弄清楚以前的问题是什么。这么看来,率先发表并不是评价发现贡献的唯一标准。
所以要回答“谁发现了mRNA?”,取决于你所说的“发现”是什么意思。许多不同的团体都有自己的主张,这取决于你关注的是mRNA故事的哪一部分:
• 1947 年,André Boivin第一个提出DNA产生RNA进而导致蛋白质合成。
• 1950年,Raymond Jeener第一个提出了小RNA分子从细胞核移动到细胞质,并与核糖体结合,驱动蛋白质合成。
• 1953年,Al Hershey团队(1956 年,Volkin和Astrachan团队)率先报告识别出我们今天所知的mRNA。
• Brenner、Crick首先意识到,可能存在mRNA且它具有我们现在所知道的功能,而Jacob和Monod将其命名为mRNA并将其置于理论框架中。
• 首先明确描述mRNA,一方面是Brenner、Crick和Meselson的联合工作。另一方面是Watson团队的工作(尽管Brenner-Crick-Meselon小组先得到结果)。
• 第一个证明mRNA功能的人是Nirenberg和Matthaei,尽管他们没有用这些术语来构建他们的结果。
谁发现了mRNA?这很复杂。难怪诺贝尔奖委员会没有奖励这一发现。只提三个(甚至六个)人的名字会令人反感——mRNA是一群研究人员多年工作的产物。他们收集了不同类型的证据来解决一个问题。这个问题今天看起来很明了,但在当时却非常困难。这就是历史的本质——它理清了当时纠结和模糊。我们今天知道答案,从一个有利位置回顾过去;但当时的参与者凝视着一个模糊的未来,试图调和相互矛盾的证据,并构想可以解决问题的新实验。他们的见解和想象力合在一起,为今天的理解和明天的发现奠定了基础。
References
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Non-randomness in amino-acid “alleles”
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Sur le role possible des deux acides nucléiques dans la cellule vivante
Experientia, 3 (1947), pp. 32-34
22F.H.C. Crick
我们不需要英雄
但我们需要榜样
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